Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • techweek
  • Biohacking
  • Био/​мол/​текст

Геномная биоинформатика

ИТ на службе биомедицины

Екатерина Шлык, ИКС-медиа

Компании EMC, Intel, Parseq Lab и Лаборатория алгоритмической биологии Санкт-Петербургского Академического университета РАН отметили первую годовщину открытия Центра исследований и разработок EMC в Сколково, в рамках ИТ-кластера.

Одной из главных задач центра является работа в области биомедицины и генетики. По словам Камиля Исаева, вице-президента EMC Россия и СНГ, генеральный директор R&D-центра компании в Сколково, в настоящее время биомедицинские направления исследовательской деятельности являются одним из драйверов мировой науки, каким когда-то была ядерная физика, например. И, точно так же, как и ядерная физика, эта область является системообразующей в том плане, что для ее успешного развития необходима совместная работа людей разных специальностей. В частности, сейчас в области биомедицинских дисциплин активно работают люди традиционно далекие и от медицины, и от биологии – математики, программисты, системные инженеры, специалисты по хранению и обработке данных.

Задача, которая сейчас стоит перед ИТ-специалистами, работающими в области биомедицины, – это интеграция проанализированных и систематизированных результатов исследований в клиническую практику, потому что именно в этом случае полученные данные будут приносить практическую пользу, например, помогать справляться с тяжелыми болезнями. Но это, отмечает Исаев, нетривиальная задача.

Основная преграда, которая возникает в данном случае – принципиально разные требования к хранению данных, которые возникают у ИТ-специалистов и у работников медицинских исследовательских центров. Если первые выбирают открытость и максимальную доступность данных, то вторые как раз в большей степени заинтересованы в приватном хранении. Выходом в данном случае может стать гибридное облако, причем должно быть строго оговорено, какие данные будут доступны всем, а к каким получит доступ лишь строго определенный круг лиц.

Впрочем, вопрос доступа – не единственная сложная  задача, которую приходится решать.

Чрезвычайно важным вопросом является вопрос масштабируемости. При секвенировании только одного генома исследователи получают сотни терабайт данных, и все эти данные нужно хранить, чтобы потом с помощью технологий big data обработать многократно полученные результаты и получить данные, применимые на практике. То есть речь идет о хранении петабайт данных, причем хранилище должно быть масштабируемым и доступным по цене.

Важным параметром ИТ-платформы, решающей задачи биомедицины, являются функции интеллектуального анализа хранимых данных, информационной безопасности и, конечно же, простоты использования конечного продукта.

Последняя функция, по словам заместителя директора Лаборатории алгоритмической биологии Академического университета РАН Аллы Лапидус, является наиболее важной с точки зрения с точки зрения конечных потребителей решения – например, врачей, которые могут использовать результаты генетических исследований для диагностики и лечения заболеваний. Простота и понятность – это ключевые требования, которые предъявляют врачи к разрабатываемой платформе. И, как уверяет Камиль Исаев, это требование разработчики, конечно же, имеют в виду и стремятся сделать решение не только как можно более полным, но и как можно более простым.

ИТ-решение, благодаря которому врачи смогут использовать данные генетических исследований при диагностике новорожденных, пренатальной неинвазивной диагностике, офтальмогенетике, может быть выпущено уже в этом году. Над ним совместно работают компания EMC и компания Parceq Lab. По словам Александра Павлова, генерального директора компании Parceq Lab, направление деятельности компании – геномная биоинформатика – требует, с одной стороны, серьезного запаса данных, а с другой, – технологий их хранения, обработки и анализа. И с этой точки зрения, партнерство с такими вендорами как Intel и EMC позволяет сделать работу быстрее и продуктивнее.

Но, добавляет Алла Лапидус, этого все еще недостататочно. Необходимо вести серьезную просветительскую работу среди врачей, чтобы они понимали, зачем им необходимо использовать в своей трудовой практике результаты генетических исследований, разъяснять, какие возможности открываются перед ними. А это, безусловно, нельзя сделать в короткое время.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
22.005.2014

Читать статьи по темам:

биоинформатика биомедицина геномика компьютеры Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Поездка на IV съезд общества биохимиков и молекулярных биологов

Фонд «Вечная молодость» на IV съезде Общества биохимиков и молекулярных биологов в Новосибирске представляли руководитель научно-экспертного отдела и его заместитель.

читать

Суперкомьпютеры для биомедицины и фармакологии

Компания Intel и МФТИ подвели итоги трехлетней работы лаборатории суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE (Intel super computer applications laboratory for advanced research).

читать

Суперкомпьютер для биомедицины

Лаборатория суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE представила новые результаты исследований в области биоинформатики и моделирования лекарственных препаратов.

читать

Биотехнологи и фармацевты! Вас ждут в «Сколково»!

«Сколково» будет поддерживать исследования в области биомедицины, фармакологии, биоэнергетики, промышленных биотехнологий и биоинформатики.

читать

Медицина и математика

Важнейшей областью приложения математики в медицине является создание новых лекарственных средств.

читать