Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Биомолтекст2020
  • vsh25
  • Vitacoin

Верхушка айсберга

У бактерий нашли 76 новых генов антибиотикорезистентности

«Чердак»

Проанализировав геномы бактерий со всего мира, микробиологи из Гетеборгского университета в Швеции обнаружили ряд ранее неизвестных генов, отвечающих за устойчивость к сильным антибиотикам карбапенемам.

Карбапенемы – класс антибиотиков широкого спектра действия, часто применяемые против полирезистентных штаммов бактерий, на которые не действует ряд других препаратов. Тем не менее, некоторые особенно агрессивные бактерии научились справляться и с карбапененами при помощи фермента B1-металло-β-лактамазы, который способен деградировать антибиотик. Гены, отвечающие за резистентность такого типа, бывает непросто обнаружить, поскольку зачастую они расположены на мобильных генетических элементах – последовательностях ДНК, способных перемещаться внутри генома. В новом исследовании ученые предложили подход к анализу ДНК бактерий, который эффективно предсказывает новые гены, кодирующие B1-металло-β-лактамазу.

В основе разработанного учеными алгоритма лежит использование так называемых скрытых марковских моделей. С их помощью алгоритм определил паттерны последовательности ДНК, исследуя уже известные гены устойчивости к карбапенемам. Затем, исследуя любую последовательность ДНК, алгоритм присваивал ей некоторую оценку – вероятность того, что в ней также закодирован ген B1 металло-β-лактамазы. Гены со значением выше порогового ученые считали потенциальными мишенями для дальнейших исследований.

Проанализировав более 10 000 геномов бактерий со всего мира, ученые выявили 76 ранее неизвестных генов-кандидатов. Чтобы проверить эффективность предсказания, часть из них авторы работы синтезировали и внедрили кишечной палочке Escherichia coli. Эксперимент показал, что из 21 гена 18 оказались работоспособными, – это указывает на высокую точность алгоритма предсказания. Таким образом, исследователи увеличили количество известных генов B1 металло-β-лактамазы более чем в два раза.

Результат своей работы авторы статьи называют «верхушкой айсберга», который показывает, как много существует до сих пор не изученных типов антибиотикорезистентности. В дальнейшем ученые также планируют разработать алгоритмы, позволяющие обнаружить гены устойчивости к другим типам антибиотиков. Зная больше о том, как бактерии противостоят лечению, мы сможем более эффективно справляться с полирезистентными бактериями, считают исследователи.

Статья с описанием результатов работы опубликована в журнале Microbiome.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru


Читать статьи по темам:

антибиотики анализ ДНК Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

АФК против супермикробов

В присутствии активных форм кислорода бактерии, резистентные к старым антибиотикам, начинали реагировать на них сильнее, иногда – в 1000 раз.

читать

Супермикробы: кто виноват и что делать?

В последнее два десятилетия «супербактерии» стали одним из главных поводов для беспокойства медицинского сообщества.

читать

Защитите человечество от туберкулёза

ВОЗ призывает срочно расширить инвестиции в исследования и разработки препаратов против инфекций, устойчивых к антибиотикам.

читать

Наноантибиотики

Наночастицы, имитирующие строение оболочки вирусов-бактериофагов, могут убивать различные типы бактерий, в том числе штаммы, устойчивые к антибиотикам.

читать

Кляп для бактериальной рибосомы

Новый антимикробный пептид блокирует выход синтезированного белка из рибосомы, действуя как затычка. В группе микроцинов это первый пептид с таким механизмом действия.

читать