Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Биомолтекст2020
  • vsh25
  • Vitacoin

Диагноз по транскриптому

В качестве альтернативы иммуногистохимии для онкодиагностики применен метод РНК-секвенирования

Блог ФизТеха, Naked Science

Исследование опубликовано в швейцарском журнале Biomedicines (Sorokin et al., RNA Sequencing in Comparison to Immunohistochemistry for Measuring Cancer Biomarkers in Breast Cancer and Lung Cancer Specimens).

Классическим методом в диагностике онкологических заболеваний является иммуногистохимическое окрашивание срезов опухолевой ткани. Этот метод позволяет выявить наличие и измерить количество особых белков-маркеров, характерных для злокачественных новообразований. Для проведения процедуры иммуногистохимического окрашивания образец опухоли погружают в горячий парафин.

После остывания блок парафинизованной ткани нарезают на тонкие срезы, которые окрашивают и исследуют методами микроскопии. Полученные изображения позволяют судить о злокачественности и молекулярном типе опухоли, что крайне важно для подбора подходящей терапии.

Принцип метода РНК-секвенирования состоит в определении последовательностей и количеств всех молекул РНК, присутствующих в клетке. Полученная совокупность данных, так называемый транскриптом, содержит информацию об уровне активности всех генов в клетке. Для анализа таких больших объемов данных биоинформатики применяют специализированные алгоритмы, создают базы данных транскриптомов различных клеток и тканей человека.

Авторы работы предложили использовать метод РНК-секвенирования как альтернативу и дополнение к классическому методу иммуногистохимии. Причем в качестве биоматериала предложено использовать те же парафинизованные фрагменты опухоли. Это позволяет избежать дополнительного взятия биопсии у пациента, а также легко комбинировать оба подхода.

«Мы впервые показали, что результаты этих двух методик прекрасно соответствуют друг другу, только для иммуногистохимических исследований нужно сделать намного больше экспериментов – столько, сколько биомаркеров нужно посмотреть, – и потратить гораздо больше материала. А РНК-секвенирование позволяет сразу количественно охарактеризовать работу всех белок-кодирующих генов, а их около 20 тысяч!» – рассказывает Антон Буздин, руководитель исследования, заведующий лабораторией трансляционной геномной биоинформатики МФТИ.

В своем исследовании авторы для нескольких видов опухолей показали наличие четкой корреляции между уровнем экспрессии четырех разных генов-маркеров опухоли, измеренных методом РНК-секвенирования, и результатами иммуногистохимического окрашивания.

RNA_sequencing.jpg

Сравнение двух методов:
А – корреляция между уровнем экспрессии маркера рака молочной железы HER2, измеренным методом РНК-секвенирования (RNA) и результатами иммуногистохимического окрашивания (IHC).
В – результаты иммуногистохимического окрашивания для различных стадий прогрессии опухоли (коричневый цвет отражает наличие белка-маркера HER2) / ©Пресс-служба МФТИ.

«Мы уверены, что у РНК-секвенирования большое будущее в медицинской диагностике, и очень рады, что наша работа, как мы надеемся, хоть немного смогла его приблизить», – резюмирует Антон Буздин.

В исследовании, кроме ученых из лаборатории трансляционной геномной биоинформатики МФТИ, принимали участие их коллеги и медики из Института персонализированной медицины Первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова, Института биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Карельского республиканского онкологического диспансера, Медцентра Витамед, МГУ имени М. В. Ломоносова, Калужской областной онкологической больницы, Онкологического диспансера Республики Карелия и компании Oncobox (США). Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда. 

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru


Читать статьи по темам:

рак диагностика биомаркеры РНК Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Сверхчувствительный анализ

Команда исследователей из США сделала жидкую биопсию намного более чувствительной к молекулам микроРНК.

читать

Ловушка для раковых миРНК

Международный коллектив ученых разработал тест для ранней диагностики рака по содержанию микроРНК в моче.

читать

Разработан биосенсор для диагностики рака

Созданный сингапурскими исследователями биосенсор может за 15 минут диагностировать рак по анализу состава микроРНК в моче пациента.

читать

Miriam – прорыв в ранней диагностике рака?

Внедрение в практику устройства, позволяющего по анализу специфических раковых микроРНК в крови диагностировать широкий спектр онкологических заболеваний, сделает скрининг на рак такой же рутинной процедурой, как анализ крови.

читать

Два новых метода

Главная задача врачей при борьбе с раком простаты – отличить агрессивные опухоли от тех, что не требуют интенсивного лечения.

читать

Задолго до симптомов

Международная команда ученых выявила биомаркер, который позволит диагностировать рак мочевого пузыря за 10 лет до первых симптомов.

читать