Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Биомолтекст2020
  • vsh25
  • Vitacoin

Геном рака: от частного к общему

Разным видам рака подобрали общие мутации

Кирилл Стасевич, Компьюлента

Рак, как все помнят, начинается с мутаций, с нарушений последовательности ДНК, после которых клетка приступает к неконтролируемому делению. Однако разновидностей рака великое множество, и у каждой есть специфичные мутации, которые отличают только её. А есть мутации, которые, наоборот, оказываются более или менее универсальными и встречаются у многих опухолей. Кроме того, существуют просто мутации, которые, быть может, и вредны, но к раку не имеют никакого отношения.

Учёные давно пытаются разобраться в этом мутационном хаосе злокачественных опухолей, научиться отличать одни мутации от других. Не так давно группа исследователей из Института Броуда (США) поняла, как отличать онкогенные мутации от обычных; с помощью созданного ею алгоритма можно, например, получить индивидуальные мутационные паспорта для разных опухолей. И вот теперь та же команда Геда Гетца, Мэтью Мейерсона и их коллег сообщает в Nature Genetics, что ей удалось решить и другую задачу, то есть выяснить, как должны выглядеть мутации, которые можно назвать пан-онкогенными, встречающимися в большинстве раковых опухолей.

Учёные анализировали делеции и удвоения участков ДНК в соматических клетках, после которых соматические клетки и выходят из-под контроля. В их руках было около 5 тыс. образцов от 12 видов рака, среди которых были опухоли мочевого пузыря, груди, толстой кишки и т. д. Оказалось, что онкогенные делеции и дупликации происходят чаще всего вслед за полным удвоением генома, когда клетка из-за какой-то молекулярной ошибки получает не по две хромосомы каждого вид, а по четыре. В 37% случаев за таким удвоением следует злокачественное перерождение клетки, и учёным удалось заодно определить гены, от которых зависит, произойдёт такое удвоение генома или нет.

Второе, что заметили авторы работы: онкогенные мутации внутри хромосомы выглядят несколько иначе, чем те, что случаются на хромосомных концах, или теломерах: теломерные мутации захватывают бОльшие фрагменты ДНК. Из этого авторы делают вывод, что и механизмы мутаций разнятся в том, где эти мутации происходят.

Далее, оказалось, что в геноме есть 140 участков, мутации в которых с наибольшей степенью вероятности приводят к раку. При этом исследователи подчёркивают, что конкретный набор мутантных зон из этих 140 в каждом отдельном случае может меняться. Среди генов, которые в них расположены, лишь 35 до сих пор были известны как заведомые онкогены, в отношении остальных учёным предстоит, очевидно, долгая и кропотливая работа.


Наиболее часто повторяющиеся очаги соматических изменений числа копий генов.
Рисунок из статьи Zack et al. Pan-cancer patterns of somatic copy number alteration – ВМ

Наконец, действие многих из тех же 140 онкогенных зон находится под контролем эпигенетических механизмов, определяющих, как тот или иной фрагмент ДНК упакован или, наоборот, доступен молекулярным машинам, считывающим с него информацию. То есть онкогенные мутации, стало быть, вмешиваются в работу эпигенетических регуляторов.

Стоит ещё раз подчеркнуть, что всё вышесказанное авторы относят к мутациям, которые можно найти если не во всех, то в подавляющем большинстве видов рака. По этим признакам можно составить базу данных раковых мутаций, отделяя частные, индивидуальные мутации от общих. Кроме того, по ним можно обнаружить некоторые участки генома, отдельные гены, чьё возможное участие в развитии рака до сих пор не изучалось.

В конечном счёте это должно привести к созданию более эффективных средств лечения, которые будут учитывать, например, не только генетический эффект от мутации, но и её влияние на эпигенетические процессы.

Подготовлено по материалам Института Броуда: Study finds rules for cancer drivers.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
01.10.2013

Читать статьи по темам:

генный анализ геномика мутация рак Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Сделан важный шаг на пути создания геномного атласа рака

Первые результаты беспрецедентного по масштабу исследования молекулярных особенностей раковых опухолей представлены учеными.

читать

Генетическая революция

Отдел науки «Газеты.Ru» рассказывает об истории геномики, ее развитии в мире и в России и о том, как она изменит мир в будущем.

читать

Десять самых важных событий 2012 года в генетике по версии 23andMe

Десять наиболее важных генетических находок 2012 года были выбраны из результатов собственных исследований компании, полученных в течение последнего года, а также научных данных, опубликованных в рецензируемых журналах.

читать

Генетическая гонка с преследованием

Академик Константин Скрябин: «Если мы отстанем в генетической гонке, то последствия будут тяжелее, чем если бы мы отстали в атомной или космической области».

читать

Рак груди: размер имеет значение

Из 7 идентифицированных единичных нуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с большим размером груди, 3 тесно связаны с другими «снипами», коррелирующими с повышенным риском развития рака молочной железы.

читать