Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • vsh25
  • mmif-2019
  • Vitacoin

Рак и микроорганизмы

Ученые разработали новый способ обнаружения онкогенных бактерий и вирусов

Полина Гершберг, Naked Science

Исследование, опубликованное в журнале Genome Biology, показывает, как изучение опухолей позволяет выявить ассоциированные с этими новообразованиями вирусы и бактерии. Эта работа поможет определить патогенез многих видов опухолей и, вполне возможно, создать вакцины от определенных типов рака.

Секвенирование генома – исследовательский метод, который несет огромный потенциал для выявления микробных агентов. Если в образце опухолевой ткани провести полное секвенирование генома, то ДНК патогенных микроорганизмов, связанных с развитием рака, тоже будет секвенирована. Это позволит ученым собрать данные о взаимосвязи различных вирусов и бактерий с определенными видами новообразований.

Ученые из Университета Восточной Англии провели сравнительный анализ более чем 70 комбинаций различных инструментов и настроек на 100 фиктивных геномах. Они состояли из реальных данных о секвенировании опухолевых тканей, которые в различных пропорциях дополнили информацией, полученной при секвенировании геномов бактерий. В процессе работы ученые определили две компьютерные программы, которые лучше всего подходят для обработки геномных последовательностей и выявления ДНК патогенных агентов.

Этими программами оказались mOTUs2 и Kraken. F-мера качества классификации при помощи этих программ составляла 0,9 и 0,91 соответственно (F-мерой называют гармоническое среднее между полнотой и точностью классификации; в идеале этот показатель должен стремиться к единице). На основе этих инструментов ученые разработали комбинированный алгоритм под названием SEPATH, который позволяет эффективно и точно установить взаимосвязь между метагеномикой (разнообразием генетического материала в образце) и самим заболеванием.

SEPATH проверили на нескольких реальных наборах данных, полученных при секвенировании образцов рака желудка и шейки матки. Достоверно известно, что эти заболевания часто обусловлены патогенным влиянием бактерий рода Helicobacter и вирусов рода Alphapapillomavirus соответственно. При детальном изучении в этих наборах обнаружились и многие другие потенциально опасные микроорганизмы. Так, в нескольких наборах данных по раку шейки матки алгоритм показал присутствие трепонемы – возбудителя сифилиса. В случае с раком желудка, кроме Helicobacter, в большинстве образцов были найдены гены вирусов рода Lymphocryptovirus – к ним, например, относится вирус Эпштейна-Барр.

«Мы только начинаем раскрывать роль, которую эти и другие патогены могут играть в развитии рака, – говорит ведущий автор исследования Дэн Брюэр. – Уже существует вакцина против ВПЧ, которая, как считается, предотвращает около 70 процентов случаев рака шейки матки. Мы надеемся, что благодаря выявлению бактерий и вирусов, связанных с другими видами рака, в будущем могут быть разработаны новые вакцины».

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru


Читать статьи по темам:

рак микрофлора секвенирование генома Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Риск рака и микрофлора

У женщин с мутациями в гене BRCA1 и с раком яичников было обнаружено одинаково низкое количество вагинальных лактобактерий.

читать

Фекалотерапия в онкологии

Трансплантация фекалий поможет людям, болеющим раком, справиться с последствиями приема антибиотиков, вредящих микробиоте.

читать

Рак печени и микрофлора: подробности

Ученые разобрались в том, как кишечная микробиота влияет на противораковый иммунитет печени.

читать

Рак печени и микрофлора

Описан механизм того, как микробы кишечника влияют на способность иммунной системы противостоять росту опухолей печени.

читать

Найдены бактерии, защищающие от рака кожи

Одна из кожных бактерий, S.epidermidis, синтезирует вещество, защищающее от развития рака кожи.

читать