Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • medtech
  • ММИФ-2018
  • Vitacoin

Тихоходок оклеветали?

С тихоходок сняли обвинение в массовом «плагиате»

Александр Ершов, N+1 

Биологи под руководством Марка Блакстера из Университета Эдинбурга обнаружили, что массовое заимствование чужих генов, следы которого недавно якобы удалось найти в геноме тихоходок, на самом деле может быть результатом загрязнения. Об этом говорится в препринте, выложенном британскими учеными в архив bioArxiv (Koutsovoulos et al., The genome of the tardigrade Hypsibius dujardini). 

Статья группы Марка Блакстера пока не принята к публикации ни в одном из рецензируемых журналов и, по признанию авторов, даже не полностью дописана. Тем не менее, ведущий автор обнаружившей «генное воровство» американской группы в комментарии к препринту уже признал, что новые данные ставят под вопрос полученные ранее результаты.

В новой работе британские биологи работали с тихоходкой того же вида, что и американцы, Hypsibius dujardini, однако выращивали их в немного других условиях. Кроме того, поскольку эти тихоходки размножаются партеногенезом, то есть фактически являются клонами, «штамм», с которым работали британцы, мог немного отличаться по своим генетическим особенностям от американского. 

Британским ученым удалось прочитать и собрать полный геном тихоходок, длина которого составила 135 миллионов пар оснований – что на 77 миллионов меньше, чем геном, собранный американской группой. Количество белок-кодирующих генов также было существенно ниже: 23 против 38 тысяч штук. Главным результатом стало отсутствие следов сколько-нибудь существенного горизонтального переноса генов. Так называют процесс, в ходе которого в геном попадают чужеродные последовательности, например, вирусные гены.

По данным американской группы, доля заимствованных генов у тихоходок якобы составляет около 17,5 процентов – это рекордная цифра среди всех животных. У коловраток, современных рекордсменов по горизонтальному переносу (животных существенно более мелких и примитивных) соответствующая цифра в два раза ниже. Обычно же доля чужеродных генов в геномах животных находится на уровне одного процента, причем подавляющее большинство этих генов занесены вирусами. Интересно, что среди источников «украденных» генов американская группа нашла не только бактерии, но и грибы, археи и даже растения.


Диаграмма скаффолдов (собранных кусков) американского генома тихоходок по нуклеотидному составу (горизонтальный) и количеству прочтений (вертикальный). Голубым показаны скаффолды, где та же последовательность прочитана не только по ДНК, но и по РНК – то есть транскрибируется. Размер пузыря соответствует длине скаффолда.

Из всех этих генов британской группе экспериментально (с помощью ПЦР-теста) удалось подтвердить наличие только десяти штук, чья «чужеродность» не может быть отвергнута как загрязнение. На основании анализа собственных и чужих сырых данных британцы оценивают общий уровень возможного загрязнения для американского генома в 30,4 процента, для собственного – в 6,8 процента.

Американские биологи в своей статье высказывали предположение о том, что именно высокий уровень горизонтального переноса мог помочь тихоходкам стать настолько специализированными экстремофилами. Известно, например, что они могут выдерживать полное высушивание, голодание, длительное ионизирующее облучение и, например, являются единственными животными, способными несколько дней жить в открытом космосе (и в вакууме электронного микроскопа). Однако новые данные ставят под сомнение гипотезу о том, что все эти «сверхспособности» как-то связаны с заимствованием чужой ДНК. Кроме того, авторы новой статьи подчеркивают, что тот вид тихоходок, который секвенировали обе группы, Hypsibius dujardini, этими способностями не обладает – в отличие от других своих собратьев, общее число которых приближается к 1000 видов.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
03.12.2015

Читать статьи по темам:

гены секвенирование генома Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Чужие гены нам жить помогают

Самые выносливые и живучие на земле существа – так называемые тихоходки, небольшие беспозвоночные существа размером в миллиметр, могли стать обладателями этого титула благодаря обильным «заимствованиям» ДНК у бактерий, грибов и растений.

читать

Покажите свои гены

За последнее десятилетие исландской компании Decode удалось провести самое подробное генетическое исследование населения, проживающего в отдельно взятой стране.

читать

Дайте нам ваши гены

Каталог ДНК каждого жителя Исландии вместе с генеалогическими и медицинскими данными о жителях этого острова станет уникальным ресурсом, который поможет ученым выявить причины страшных заболеваний и предложить методы их лечения.

читать

Полная энциклопедия онкогенов

Детальный каталог раковых генов позволит подбирать оптимальную терапию для каждого пациента, выбирать мишени при разработке противораковых средств, создавать экспериментальные модели животных и линий клеток для исследования рака, испытания новых средств и методов лечения.

читать

«Гены долголетия» ночницы Брандта

Международная группа ученых расшифровала геном ночниц Брандта – летучих мышей весом 6-8 г, отдельные особи которой проживают свыше 40 лет. Возможно, это поможет найти гены, связанные с продолжительностью жизни и долголетием у человека.

читать