Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Биомолтекст2020
  • vsh25
  • Vitacoin

Усовершенствованная микродиссекция хромосом

Пресс-служба СПбГУ

Группа ученых Санкт-Петербургского университета и Университета им. Ф. Шиллера (Германия) под руководством доцента СПбГУ Аллы Красиковой разработала уникальный метод микродиссекции хромосом. С его помощью стало возможно получать и расшифровывать минимальные по размеру фрагменты геномной ДНК. Результаты исследования опубликованы в высокорейтинговом научном журнале в области изучения геномов BMC Genomics (Zlotina et al., Microdissection of lampbrush chromosomes as an approach for generation of locus-specific FISH-probes and samples for high-throughput sequencing).

В настоящее время существует широкий спектр цитогенетических и цитологических подходов к изучению хромосом, одним из которых является метод механической микродиссекции. Данный метод позволяет изолировать индивидуальные хромосомы или их отдельные районы с помощью специальных стеклянных игл. Затем полученный материал можно амплифицировать, то есть создать множество его копий, и проанализировать с помощью молекулярно-цитогенетических методов или методов высокопроизводительного секвенирования (расшифровки геномных последовательностей). Микродиссекцию наиболее часто используют для идентификации хромосом, точного определения границ эволюционных и клинически значимых хромосомных перестроек, для изучения пространственной организации ядра клетки и др.

Обычно для микродиссекции используют высококомпактизованные митотические хромосомы, однако ввиду их малого размера стандартный подход к микродиссекции не позволяет исследовать крошечные и сложно организованные хромосомные районы. Ученым СПбГУ совместно с коллегами из Университета им. Ф. Шиллера удалось разработать уникальный протокол микродиссекции гигантских транскрипционно-активных хромосом. Этот способ позволяет получать высокоспецифичные зонды для флуоресцентной in situ гибридизации (то есть локализации на препаратах хромосом), а также создавать образцы для последующего высокопроизводительного секвенирования и картирования мельчайших фрагментов ДНК в соответствующем геноме.

microdissection.gif  

«Разработанный нами метод микродиссекции хромосом позволил изолировать хромосомные районы размером всего лишь в 1,5–4 млн пар нуклеотидов, – поясняет первый автор статьи, младший научный сотрудник СПбГУ Анна Злотина. – При этом для успешной амплификации оказалось достаточно микроскопического фрагмента только одной копии хромосомы. Раньше для микродиссекции метафазных хромосом в качестве исходного материала ученые использовали не менее 10–15 диссектированных копий хромосомного участка значительно большего размера».

Этот высокий результат был получен благодаря успешному сотрудничеству СПбГУ с лабораторией Томаса Лира в рамках действующей программы межвузовского обмена. В ходе работы были задействованы ресурсы двух крупнейших научных центров: оборудование для механической микродиссекции хромосом Университета им. Ф. Шиллера и оборудование для высокоточного цитогенетического анализа и расшифровки фрагментов генома, входящее в состав Научного парка СПбГУ.

«Новый протокол уже нашел применение в области изучения гигантских хромосом типа ламповых щеток, – рассказывает доцент СПбГУ Алла Красикова. – Он позволяет получать образцы ДНК и РНК из конкретных районов таких хромосом и определять точное геномное положение, а также протяженность и генный состав изолированных фрагментов. Нам удалось разработать уникальный по техническому исполнению и результативности подход, с помощью которого можно соотносить определенные клеточные структуры и даже индивидуальные гены с известными ДНК-последовательностями генома. Он также может служить удобным инструментом для детального изучения функционально значимых районов хромосом и механизмов реализации генетической информации».

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
 09.03.2016

Читать статьи по темам:

хромосомы анализ ДНК Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Трехмерный геном

В недавней работе российских исследователей освещены нюансы трехмерной упаковки хромосом в соматической и половой клетке, подчеркивающие консервативность этой черты генома.

читать

Диагностика рака по обрывкам хромосом

Новый способ диагностировать онкологические заболевания случайно обнаружили акушеры-гинекологи из Бостона.

читать

Синдром Дауна: пренатальная диагностика по ДНК

Диагностика синдрома Дауна по ДНК плода в крови матери абсолютно безопасна и намного точнее стандартных методов скрининга.

читать

Y-хромосома – двигатель эволюции

Y-хромосома традиционно считалась слабым местом мужских организмов, сокращающим генетическое разнообразие и препятствующим эволюции. Однако последние исследования показали, что страхи об угасании рода мужского сильно преувеличены.

читать

Ученые описали молекулярные основы синдрома Дауна

Молекулярной основой интеллектуальных и неврологических расстройств, характерных для синдрома Дауна, является снижение миелинизации нервных волокон.

читать

Хромосомы, я вас насквозь вижу!

Новый метод атомно-силовой микроскопии позволяет проследить движение ДНК как снаружи, так и внутри ДНК-белковых комплексов и в деталях рассмотреть теломеры на концах хромосом.

читать