Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Vitacoin

Волшебное слово для бактерий

Редкие кодоны помогают регулировать движение рибосом по мРНК

Кирилл Стасевич, Компьюлента

Исследователи постоянно пытаются заставить бактерии производить какие-нибудь вещества, от белков до топливных углеводородов, и самая типичная технологическая проблема при этом – малый выход требуемых молекул. Обычно такие молекулярно-биотехнологические манипуляции сводятся к тому, что в геном бактерии вставляют ген, кодирующий нужный белок; таких генов может быть несколько, и эти белки могут иметь самые разные свойства. Однако синтез мРНК на ДНК и последующий синтез белковой молекулы на мРНК подчиняются множеству факторов, влияющих, разумеется, на активность всей этой машинерии. И необходимость их учёта является постоянной головной болью тех, кто занимается подобными молекулярно-генетическими работами.

Один из таких факторов связан с редкими кодонами – триплетами нуклеотидов, соответствующих тем или иным аминокислотам. Как известно, все аминокислоты, использующиеся при синтезе белка, кодируются в генетическом коде «словами» из трёх нуклеотидных букв; однако таких «слов» в коде гораздо больше, чем аминокислот, то есть, получается, одной и той же аминокислоте соответствует больше одного кодона. Эти кодоны используются в генах с разной частотой, одни чаще, другие реже; последние поэтому и называются редкими.

Некоторое время назад исследователи заметили, что у бактерий такие редкие кодоны тяготеют к началу кодирующей области в гене, и на мРНК рибосома, стало быть, сталкивается с ними в первую очередь. Более того, чем больше редких кодонов оказывалось в начале, тем больше белка синтезировалось на такой матрице. Никто не знал, почему так происходит, но предположения выдвигались самые разные. По одной гипотезе, редкие кодоны служат тормозами рибосомам: на таких кодонах рибосоме приходится ждать, когда к ней придёт аминоацилированная транспортная РНК с соответствующей кодону аминокислотой. Потом, на обычных кодонах, рибосома постепенно разгоняется. Если же в начале редких кодонов нет, то рибосомы сразу ускоряются, и случается так, что сзади идущая нагоняет переднюю, сталкивается с ней, и эта авария прекращает биосинтез. А если в начале мРНК стоят редкие кодоны, то они, как регулировщики скорости, делают так, что все рибосомы добираются до конца мРНК, тем самым увеличивая продукцию белка.

По другим предположениям выходило, что редкие кодоны как-то меняют пространственную укладку мРНК, но эти изменения опять же влияют на скорость движения рибосом.

Проверить эти гипотезы экспериментально попробовали трое исследователей из Института Вайса при Гарвардском университете (США). Сначала они выяснили, как сильно редкие кодоны увеличивают продукцию белка. Для этого редкие и обычные кодоны вставлялись в зелёный флюоресцентный белок, который вводился в бактерию. По тому, как бактерия светилась, можно было понять, как работают начальные кодоны.

Как пишут авторы работы в Science (Goodman et al., Causes and Effects of N-Terminal Codon Bias in Bacterial Genes), появление лишь одного редкого кодона могло усилить синтез белка в 60 раз.

Во-вторых, исследователи сравнили скорость эффективность синтеза белка на мРНК с редкими кодонами и на мРНК без редких кодонов, но обладающих пространственной структурой, замедляющей рибосомы. В итоге оказалось, что и то и другое действительно увеличивает эффективность синтеза, но редкие кодоны работают сами по себе и их эффект от структуры мРНК не зависит.

Фундаментальные и практические выводы из полученных результатов очевидны: удалось не только экспериментально подтвердить гипотезу, касающуюся одной из самых общих проблем в молекулярной биологии, но и показать, с помощью каких уловок можно заставить бактерии производить больше биотехнологического продукта.

Подготовлено по материалам Harvard Gazette: Programming genetic code can lead to better designer genes.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
30.09.2013

назад

Читать также:

ДНК на конвейере

Процесс производства цепочек ДНК длиной в несколько сотен оснований с помощью генетически модифицированных микроорганизмов намного дешевле и точнее существующих методов.

читать

Заплатка для сердца на трехмерных спиралях

Нановолокна, имеющие форму спирали, позволяют повысить функциональность выращенной на них биоинженерной сердечной ткани.

читать

«ДНК-клей» для самосборки трехмерных структур

Используя искусственную ДНК в качестве «программируемого клея», можно собирать гелевые 3D-конструкции заданной формы размером до 1 мм.

читать

Нано-3D-микроскоп: сделано в России

Российские нанобиотехнологи, соединив несколько известных методов микроскопии, сконструировали прибор, позволяющий исследовать трехмерную структуру объектов на наноразмерном уровне.

читать

Зимняя молодежная научная школа

XXVI зимняя молодежная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии» пройдёт в Москве 10-14 февраля 2014 года.

читать

Биотехнологические компании – популярный товар на рынке IPO

Июль стал самым оживленным месяцем на рынке первичного публичного размещения акций (IPO) на фондовой бирже среди американских биотехнологических компаний за более чем 13 лет.

читать