Скрининг мутаций при раке недостаточно эффективен?
В последнее время вопрос поиска мутаций, ассоциированных с различными формами рака, привлекает очень много внимания, говорит главный редактор интернет-портала Medscape Эрик Топол. С одной стороны, в течение многих лет нам были доступны только методы скрининга, выявляющие отдельные мутации. Если у кого-то диагностировали рак толстого кишечника, проводили скрининг на мутации KRAS, а при раке молочной железы – на мутации HER2. Однако сейчас происходят очень серьезные изменения, мы начинаем признавать, что все это в целом нецелесообразно. Вопрос стоит в том, в какую сторону мы будем двигаться дальше.
Согласно данным, опубликованным в журнале Nature Biotechnology, одним из недавно валидированных инструментов является ограниченная экзомная панель, содержащая 287 генов, вовлеченных в развитие рака. Она создана компанией Foundation Medicine и подразумевает пересылку фиксированных формалином и залитых парафином образцов опухолевой ткани, полученных при проведении биопсии, в лабораторию компании, расположенную в Кембридже, Массачусетс. Там специалисты проводят высокочувствительное секвенирование ДНК. Специалисты компании не рассматривают ничего, кроме этих 287 кодирующих элементов, однако нам известно, что в развитие рака вовлечено гораздо больше компонентов, чем этот небольшой фрагмент генома.
Тем не менее, получаемые результаты весьма интересны. Компания заявляет, что мутации, предположительно являющиеся первопричиной появления опухоли, удается найти почти у 80% пациентов. Это не сулит ничего хорошего разбросанным по всей стране центрам, не практикующим пересылку образцов для секвенирования.
Конечно, есть и другие варианты решения вопроса, заключающиеся в возможности оценивать не только 287 генов. Как насчет всего экзома, состоящего из 20 000 генов? Как насчет всего генома? Совсем недавно, благодаря новому аналитическому инструменту FunSeq, мы узнали о таких вещах, как промоторы генов TERТ – длинные некодирующие сегменты, вовлеченные в развитие агрессивного рака предстательной железы, а также о том, что более 100 некодирующих последовательностей, расположенных на приличной удаленности от генов, могут запускать прогрессию злокачественных опухолей.
Мы располагаем методами, позволяющими разобраться в появляющейся информации об онкогенах и генах-супрессорах опухолевого роста, вовлеченных на ранних этапах формирования опухолей. В течение последних 2 лет Управление по контролю за продуктами и лекарствами США одобрило 20 новых препаратов, предназначенных для лечения опухолей, ДНК которых содержит определенные мутации. Однако, к сожалению, в настоящее время мы не проводим обширного скрининга пациентов. Нам следует мобилизоваться и придумать новые решения, основанные на имеющемся в нашем распоряжении необычайно большом количестве информации о геномике рака и причинах развития этого заболевания, которые позволили бы более эффективно решать проблемы пациентов.
И последний момент. Сегодня мы можем выбрать препарат, часто очень дорогостоящий, специфичный для определенной мутации. Его применение может обеспечить экстраординарный эффект, который может сохраняться на протяжении 9-12 месяцев. Однако после этого, как правило, болезнь рецидивирует.
Нам следует более рационально подходить к новым комбинированным методам терапии, высокочувствительному секвенированию и выяснению возможностей использования внеклеточной опухолевой ДНК или других методов. При этом необходимо учитывать исключительную гетерогенность опухолей, что позволит оценивать их устойчивость и вероятность рецидивирования. Это следующий этап развития противоопухолевой терапии, который нам надо всесторонне оценить.
Как вы видите, выбор оптимальных подходов к использованию в рутинной медицинской практике полученных нами знаний в области геномики рака – проблема весьма неоднозначная.
Евгения Рябцева
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru по материалам Medscape:
Topol: Cancer Mutation Screening 'Grossly Insufficient'.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
27.11.2013