Микробиом человека в клинике
«Клиническая диагностика и персонализированная медицина»: микробиом человека в клинике
В первый день конференции «Клиническая диагностика и персонализированная медицина», 16 ноября 2022 года, состоялась секция «Микробиота как инструмент персонализированной медицины».
Татьяна Маяцкая, ассистент кафедры педиатрии с инфекционными болезнями у детей РНИМУ им. Н.И.Пирогова, представила результаты исследования микробиоты кишечника у детей до трех лет, родившихся от матерей с гестационным сахарным диабетом. Состав микробиоты был иным, чем у детей женщин без этого диагноза. Подобные изменения неблагоприятно влияют на обмен веществ и могут рассматриваться как предиктор метаболических нарушений.
Екатерина Сорокина (ФГБУ ФНКЦ реаниматологии и реабилитологии, РУДН) подчеркнула, что необходимы алгоритмы нормализации кишечной микробиоты при постковидном синдроме и представила данные по фаготерапии у пациентов, проходящих реабилитацию.
Тему микробиома новорожденных и маленьких детей продолжила Байр Бембеева, врач-бактериолог института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии НМИЦ АГП им. В.И.Кулакова. Исследования фекалий новорожденных методами культуромики и секвенирования бактериальной 16S ДНК на первые, седьмые, 30-е сутки жизни, а затем через год продемонстрировали, как растет во времени разнообразие микроорганизмов, от практически стерильного первородного кала до микроценоза, сходного со «взрослым». Интересно, что добавки с бифидобактериями далеко не сразу влияют на состав микробиома ЖКТ, чем добавки с лактобактериями; вероятно, это связано со степенью зрелости толл-подобных рецепторов энтероцитов новорожденных, связывающих бактерии.
Тяжелые осложнения при кардиохирургии, повышающие летальность, ассоциированы с инфекциями, напомнила к.б.н. Екатерина Черневская, ведущий научный сотрудник, ФГБУ ФНКЦ реаниматологии и реабилитологии. У лиц с осложнениями изменяется кишечный микробиом, хотя при госпитализации и выписке он может быть сходен с микробиомом здоровых людей; изменения появляются уже в день операции. Не исключено, что ранняя оценка состава микробиоты позволит снизить процент осложнений.
Георгий Леонов (ФГБУН «ФИЦ питания и биотехнологии») привел данные, подтверждающие влияние пародонтит-ассоциированных микроорганизмов на риск развития сердечно-сосудистых заболеваний. В ротовой полости человека обитают сотни видов микроорганизмов — бактерии и археи, грибы, простейшие, вирусы. На состав микробиома влияют наследственность, прием алкоголя и курение, лечение антибиотиками (хотя и в меньшей степени, чем на микробиоту ЖКТ), диета, социально-экономический статус, беременность. С другой стороны, микробиом ротовой полости воздействует на самые разные системы организма. Есть работы, в которых показано его влияние на состояние сердечно-сосудистой системы и ЖКТ, даже на нейродегенеративные заболевания, такие как болезнь Альцгеймера. Собственные исследования докладчика с коллегами показали, в частности, что у молодых людей с нормальной массой тела в микробиоме рта меньше бактерии Porphyromonas gingivalis, вызывающей заболевания десен, чем у людей той же возрастной группы с ожирением, а еще больше ее у пожилых людей.
О ПЦР диагностике антибиотикорезистентности в урологии рассказал Евгений Пронкин, к.м.н., заведующий отделением урологии ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России. Сепсис — частое осложнение урологических заболеваний, и важно определить, к каким препаратам чувствителен возбудитель, чтобы назначить лечение. ПЦР-анализ позволяет получить результат в течение 24-48 часов и с высокой точностью. В качестве примера докладчик привел клинический случай 2019 года: женщина 68 лет с абсцессом правой почки, катетер-ассоциированной инфекцией кровотока и клинической картиной сепсиса, в отделении интенсивной терапии получала меропенем и ванкомицин, но в течение двух дней не было улучшения. Посев показал, что инфекция вызвана клебсиеллой, а ПЦР-анализ подтвердил резистентность к карбапенемам. Назначение амикацина и тигециклина улучшило ситуацию и, возможно, спасло пациентку. Эту методику в отделении урологии применяют уже около 4 лет: если в посеве мочи бактерии, не чувствительные ни к каким препаратам, подобрать антибиотик удается с помощью ПЦР. Евгений Пронкин добавил, что неверно назначенная антибиотикотерапия вредна во всех отношениях. К сожалению, ПЦР-анализ пока не выполняется по ОМС.
Доклад Алины Мелкумян, к.м.н., зав центром лабораторной диагностики ГКБ им. Ф.И. Иноземцева, назывался «Изменение микробиома при бактериальных инфекциях и их взаимосвязь с тяжестью и исходами заболевания». Хотя культивирование остается золотым стандартом — только оно позволяет получить чистую культуру, исследовать бактерию фенотипически, наконец, в современных условиях его можно сочетать с масс-спектрометрией. — ПЦР-анализ имеет свои преимущества. Доступность ПЦР-диагностики резко повысилась во время COVID-19, дешевеет и секвенирование геномов.
В докладе были рассмотрены конкретные примеры патогенного действия тех или иных компонентов микробиома. Clostridium difficile часто встречается у детей, а у взрослых может вызывать антибиотикоассоциированную диарею или псевдомембранозный колит. Streptococcus agalactiae относится к нормофлоре, но является возбудителем неонатальных инфекций и причиной детской смертности. Наконец, Lactobacillus iners, несмотря на принадлежность к «хорошему» роду Lactobacillus, ассоциирован с предрасположенностью к бактериальному вагинозу. У беременных инфекция L.iners может быть ассоциирована с преждевременными родами. Кроме того, лактобациллы, как постоянные обитатели нижних половых путей, могут быть резервуаром генов устойчивости (резистома) и передавать их транзитным бактериям.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru