Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • ММИФ-2018
  • БиоМолТекст-18
  • Vitacoin

Прорыв в секвенировании: ДНК-судоку

Китайская теорема позволила изобрести ДНК-судоку
Лента.Ру

Ученые из лаборатории Колд Спринг Харбор разработали метод, который позволяет одновременно определять последовательность большого числа образцов ДНК. Новая технология описана в пресс-релизе лаборатории. Статья авторов (DNA Sudoku—harnessing high-throughput sequencing for multiplexed specimen analysis) была вынесена на обложку журнала Genome Research.

Задачи современных молекулярной биологии и медицины требуют быстрого определения последовательности ДНК в огромном количестве образцов (подробнее об этом процессе можно прочитать здесь). В последние годы разработанные для этой цели приборы (их называют секвенаторы) «научились» одновременно определять последовательность ДНК, взятой, например, от нескольких пациентов. Чтобы различать индивидуальные образцы, перед тем, как определять их последовательность с помощью секвенатора, ученые прикрепляют к ним короткие нуклеотидные «хвостики». Для каждого индивидуального образца он свой. Анализируя результаты секвенирования, ученые узнают последовательности каждого пациента именно по этим «хвостикам».

Описанная технология позволяет работать одновременно с десятком образцов. Учитывая темпы развития науки и сложность проводимых исследований, это очень немного. По словам ученых из Колд Спринг Харбор, разработанный ими метод позволит одновременно работать с сотнями тысяч последовательностей ДНК. Метод основан на китайской теореме об остатках и получил название ДНК-судоку.

Вместо того, чтобы цеплять «хвостики» к индивидуальным последовательностям, авторы предлагают сначала разделить все имеющиеся образцы на несколько групп по определенной схеме. Все последовательности, принадлежащие, например, группе А, маркируются «хвостиком» а, группе В – «хвостиком» b и так далее. В секвенатор помещаются образцы из всех групп. Получив результат секвенирования, ученые, используя теорему об остатках и «хвостики», могут однозначно определить индивидуальные образцы в каждой группе. Исследователи как бы «заполняют» клеточки головоломки судоку (группы) цифрами (индивидуальные образцы).

Пока метод лучше всего работает для не очень длинных последовательностей ДНК. С его помощью можно, например, определять, есть ли у пациента определенная мутация. В перспективе ученые планируют применять свою технологию для одновременного определения последовательности длинных участков генома.

Портал «Вечная молодость» www.vechnayamolodost.ru
06.06.2009

Читать статьи по темам:

анализ ДНК секвенирование генома Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Анализ на яйца глист и заодно – на рак

ДНК-анализ стула пациентов позволяет выявлять разные формы рака точнее, чем считалось прежде.

читать

Патенты на гены незаконны!

По мнению истцов, патенты на исследования различных генов ограничивают гражданские свободы пациентов, позволяют компаниям-обладателям патентов устанавливать завышенную стоимость генетических анализов, а также лишают другие организации возможности исследовать эти гены.

читать

Генетический анализ: только по рецепту!

Целью нового законопроекта является предотвращение возможных злоупотреблений современными методами генетических исследований.

читать

Предрасположенность болезням по анализу генов: не надо преувеличивать!

Ведущие исследователи в области генома человека признают, что им удалось лишь едва приоткрыть дверь в бескрайнее пространство генома человека. И то, что они там увидели, убедило их, что их надежды на то, что удастся найти гены, ответственные за то или иное заболевание, были наивны. Причины большинства заболеваний гораздо более комплексны.

читать

Секвенирование ДНК: помедленнее, но точнее

Физики из Университета Брауна взяли за основу известную методику секвенирования ДНК, которая предполагает считывание информации при пропускании молекул ДНК через миниатюрные отверстия в материале, и устранили ее главный недостаток, заключавшийся в том, что скорость прохождения пар оснований через отверстие была слишком высока (вследствие этого снижалась точность декодирования).

читать