Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • AI
  • medtech
  • ММИФ-2018

Российская программа для анализа ДНК

Создана высокочувствительная программа
для работы с огромными базами данных
последовательностей ДНК

Мария Ефимова, пресс-служба ИППИ

Младший научный сотрудник учебно-научного центра «Биоинформатика» Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича (ИППИ РАН) Анна Казнадзей приняла участие в создании компьютерной программы NSimScan (Nucleotide Similarity Scanner), позволяющей находить родственные структуры в последовательностях ДНК. Статья Novichkov et al., NSimScan: DNA comparison tool with increased speed, sensitivity and accuracy с описанием программы опубликована в журнале Bionformatics (Oxford University Press).с описанием программы опубликована в журнале Bionformatics (Oxford University Press).

«Программа NSimScan работает со скоростью самых быстрых аналогов, значительно превосходя их по чувствительности и при многократно сниженной частоте ошибок – рассказывает о разработке Анна Казнадзей. – Наилучшие результаты она демонстрирует при поиске структур, совпадающих на 55-90%, в очень больших базах данных. Это делает её удобной для широкомасштабных сравнительных исследований последовательностей ДНК».

Инструмент доступен на https://github.com/abadona/qsimscan и подходит для работы на Linux, OS X и Windows (с cygwin).

Kaznadzey.jpg
Анна Казнадзей на школе-конференции ИТиС-2015

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
 31.03.2016

Читать статьи по темам:

биоинформатика интернет база данных анализ ДНК наука в России Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Выбор сервиса для облачной геномики

Научно-исследовательские институты и фармкомпании должны будут выбрать между двумя «облачными» сервисами хранения данных о человеческом геноме – Google Genomics и Amazon Web Services.

читать

Еще раз к вопросу о биохакерах

Группа биологов из Института биомедицинских исследований Уайтхэд в Кэмбридже (США) убедительно продемонстрировала, что личность анонимных добровольцев можно легко вычислить при помощи публично доступных данных в Интернете.

читать

Двести с лишним тысяч авторов

Редакция долго не решалась опубликовать статью, авторами которой стали, помимо десяти профессиональных биологов, еще и 218 837 участников онлайн-игры. В конце концов статья была принята.

читать

Охотники за головами биотехнологов и биоинформатиков

Новый интернет-ресурс «Бластим» публикует вакансии в биотехнологических компаниях и научных организациях, занимающихся биоинформатикой и «мокрой» биологией и много другой полезной информации.

читать

ДНК в «облаке»

На начальном этапе главная цель системы облачных вычислений MatchMaker Exchange – налаживание взаимодействие между медиками различных стран, которые занимаются проблемой редких мутаций в одном-единственном гене.

читать

GWATCH – магистраль для работы с геномами

Геномный браузер GWATCH – это размещенная на сервере СПбГУ интернет-платформа с открытым доступом для автоматического анализа данных с целью обнаружения генов, отвечающих за комплексные заболевания человека.

читать