10 Февраля 2023

Новый тест на рак простаты дает меньше ложноположительных результатов

Расул Табиев, PCR.news

Рак простаты (РП) — распространенное онкологическое заболевание, возникающий у каждого шестого мужчины. Однако в настоящее время не существует единой скрининговой программы. Простатоспецифический антиген (ПСА) активно используется для диагностики РП, но тест на основе ПСА не очень точный, что приводит к большому количеству ненужных биопсий у мужчин с доброкачественными опухолями. Авторы статьи в предыдущих работах описали метод, учитывающий конформацию хромосом, то есть такие участки хромосомы, где регуляторный элемент гена (энхансер) взаимодействует с промотором последнего и усиливает его экспрессию. Они назвали такой метод Episwitch PCa. Целью работы стало увеличение точности теста на основе ПСА путем его комбинации с Episwitch PCa.

Суть метода Episwitch PCa заключается в обнаружении пар энхансер-промотор в ДНК. Сначала ДНК, содержащая петли энхансер-промотор, ковалентно сшиваются (фиксируются) формальдегидом, а затем расщепляются ферментами так, чтобы избавиться от трехмерной пели и оставить лишь сшитую последовательность энхансер-промотор. На основе таких последовательностей затем создают праймеры и помещают их на чип, на который затем наносят образец ДНК. Таким образом можно понять, были ли активированы конкретные гены в данном образце ДНК, то есть определить эпигенетические паттерны, специфичные для опухолей, сравнивая эти паттерны с образцами здоровых людей.

Исследование проводилось на образцах крови здоровых людей и пациентов с раком простаты. Авторы показали, что использование теста на ПСА обладало положительным прогностическим значением (ППЗ) 0,14 (14% образцов с положительным результатом действительно были положительными на рак простаты) и отрицательным прогностическим значением (ОПЗ) 0,93 (93% образцов с отрицательным результатом действительно были негативными на рак простаты). Для Episwitch PCa ППЗ было равно 0,91, а ОПЗ — 0,32, тогда как использование комбинации теста на ПСА и Episwitch PCa показывало ППЗ 0,93 и ОПЗ 0,95.

Кроме того, авторы использовали машинное обучение и статистический анализ для оптимизации теста. Они показали наличие стабильным хроматиновых петель для таких генов, как DAPK1, HSD3B2, SRD5A3, MMP1, and miRNA98, то есть повышенную экспрессию этих генов при раке простаты.

Источник: Pchejetski D., et al. Circulating Chromosome Conformation Signatures Significantly Enhance PSA Positive Predicting Value and Overall Accuracy for Prostate Cancer Detection. // Cancers.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru


Нашли опечатку? Выделите её и нажмите ctrl + enter Версия для печати

Статьи по теме