Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • TechWeek
  • Биомолтекст2020
  • vsh25

Геймеры снова помогли учёным

Ученые улучшили алгоритмы сборки РНК благодаря онлайн-игре

РИА Новости

Способы сборки молекул РНК, придуманные участниками онлайн-игры EteRNA, позволили разработать алгоритм, намного превосходящий существующие, говорится в статье, опубликованной в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (Lee et al., RNA design rules from a massive open laboratory, в открытом доступе; пресс-релиз Crowdsourced RNA Designs Outperform Computer Algorithms, Carnegie Mellon and Stanford Researchers Report опубликован на сайте Университета Карнеги-Меллона – ВМ).

«Это было бы невозможно, если бы игроки в EteRNA просто выдавали структуры, используя онлайн-симулятор. Синтезируя наиболее удачные структуры в лаборатории Рхиджу Даса (Rhiju Das) в Стэнфорде, мы даем сообществу обратную связь – что работает, а что нет в реальном мире. В результате любители помогли нам понять принципы сборки РНК и существенно расширили возможности науки», – пояснил Андриан Трейе (Adrien Treiulle) из Университета Карнеги-Меллона в Питтсбурге (США).

Онлайн-игра EteRNA позволила объединить усилия 37 тысяч любителей, решавших двумерные головоломки, связанные со сборкой молекул РНК. При этом они получали от Трейе и его коллег результаты экспериментов, в которых молекулы РНК на самом деле синтезировалась по придуманным ими правилам.

Используя методы машинного обучения, ученые создали на основе наиболее удачных методов сборки РНК алгоритм EteRNAbot. Они сравнили эффективность работы игроков, алгоритма EteRNAbot и двух современных алгоритмов для разработки структур молекул РНК.

На расчет структуры молекулы у компьютера уходит менее минуты, в то время как у человека это занимает 1-2 дня. Плюс проверка в лаборатории занимает месяц, и в целом тестирование заняло год. Результаты показали, что структура, созданная человеком, в 99% случаев превосходит результаты работы обычного алгоритма, в то время как структуры, разработанные EteRNAbot – в 95%. Теперь исследователи планируют включить в игру сборку трехмерных структур.

Искусственные молекулы РНК с заранее заданными свойствами дают возможность исследовать живые системы и управлять их работой. Но пока алгоритмы, которые используются для расчетов необходимой структуры РНК, несовершенны, поэтому при синтезе молекулы часто не обладают нужными свойствами.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
30.01.2014

Читать статьи по темам:

биоинформатика интернет компьютеры распределенные вычисления РНК Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Еще раз к вопросу о биохакерах

Группа биологов из Института биомедицинских исследований Уайтхэд в Кэмбридже (США) убедительно продемонстрировала, что личность анонимных добровольцев можно легко вычислить при помощи публично доступных данных в Интернете.

читать

Google на страже здоровья

Корпорация Google открыла медицинский сервис Google Health. Теперь каждый человек может создать свой профиль и хранить все свои медицинские документы в интернете на этом сервисе.

читать

Семинар по системной биологии (Петербург, 15-18 мая 2014)

В рамках семинара будут изучены основные подходы к получению биологических данных, включая эпигенетический профайлинг, ChIP-seq, РНК-секвенирование, анализ экспрессии генов, экзомное секвенирование и метаболический профайлинг.

читать

Big Data для персонализированной медицины

Технологии Big Data не просто сокращают время исследования с целого года до нескольких недель. Они помогают врачам определить повышенные риски развития новых синдромов и повторных приступов у пациентов и вовремя назначить соответствующие лекарства.

читать

О пользе архивных данных

Собрав огромное количество электронных историй болезни самых разных пациентов, удалось установить новые совпадения между нуклеотидными вариациями в ДНК и многочисленными заболеваниями, включая онкологические.

читать

Краткая энциклопедия «-омик»

Коротко и понятно – о том, какие новые дисциплины появились в эпоху большой биологии и какое развитие получили «классические» -омики.

читать