Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • TechWeek
  • Биомолтекст2020
  • vsh25

Картирование маркеров рака: присоединяйтесь!

8 ноября 2013 г. к сети распределенных вычислений присоединился еще один медико-биологический проект – «Картирование маркеров рака» (Mapping Cancer Markers, MCM)

Организаторы проекта: Торонтский университет (University of Toronto), факультет компьютерных наук, Лаборатория доктора Игоря Юрисика (Dr. Igor Jurisica), в сотрудничестве с Princess Margaret Cancer Centre. Техническую поддержку оказывает Исследовательский центр наук о жизни IBM (IBM Life Sciences Discovery Centre) на базе объединения World Community Grid.

Различные формы рака – одна из главных причин смертности в мире. Современные методы лечения обеспечивают пятилетнюю выживаемость (это считается критерием излечения) лишь менее чем половине пациентов. Некоторые формы рака (например, головного мозга или поджелудочной железы) до сих пор остаются на 100% смертельными – врачи могут только на несколько лет или месяцев продлить мучения больных. Выживаемость больных раком легких лишь в последние годы увеличилась до 16%. Общее количество больных в 31 ведущей стране мира оценивается в 19 млн. человек.

Причины возникновения рака – это не только канцерогены в окружающей среде и общеизвестные вредные привычки, но и нарушения работы генов. Многие из них и тем более процессы их взаимодействия еще не выявлены. Развитие рака является многоступенчатым процессом, который приводит к неконтролируемому росту клеток опухоли, а затем – к их распространению (метастазированию) в другие органы организма. Этот процесс сопровождается усилением активности онкогенов, новыми мутациями, прекращением, подавлением или активизацией кодируемых генами белков.

Злокачественные изменения в клетках могут быть обнаружены с помощью так называемых мАркеров – определенных участков ДНК и связанных с ними специфических белков. Комбинации этих маркеров связаны с характерными типами рака. По наличию тех или иных маркеров в организме человека можно определить его предрасположенность к определенной форме рака, развитие и протекание выявленного заболевания, а также результаты проведенной терапии, что позволяет значительно улучшить качество лечения.

Например, годы исследований рака молочной железы и простаты позволили обнаружить маркеры, которые позволяют диагностировать рак на ранних стадиях, выявлять пациентов с высоким риском заболевания, прогнозировать реакцию организма на лечение. Известны маркеры и для некоторых других видов рака, но еще больше их предстоит открыть, так как рак очень неоднороден.

Авторы проекта Mapping Cancer Markers (MCM) надеются с помощью участников World Community Grid обнаружить и картировать клинически полезные онкомаркеры, связанные с раком молочной железы, яичников, простаты, поджелудочной железы, легких и других органов. Для этого потребуется обработка проб здоровых и пораженных раком образцов тканей тысяч пациентов, а также тестирование астрономического числа комбинаций маркеров. При этом методом простого перебора комбинаций выполнить такую задачу не представляется возможным – на это не хватит никаких вычислительных ресурсов. Вместо этого исследователи применяют специальные эвристические методы уменьшения пространства поиска полезных маркеров, которые позволят произвести всеобъемлющее картирование в разумные сроки с помощью вычислительных мощностей World Community Grid.

Подробно о том, что такое распределенные вычисления и как к ним присоединиться, см. в статье «Распределенные вычисления: волонтеры на службе науки».

Напоминаем: обработка данных распределенных вычислений нисколько не отразится на производительности, быстродействии и других характеристиках вашего компьютера. Программа BOINC работает в фоновом режиме, используя не нужные в данное время возможности «железа» и время простоя – даже доли секунды между нажатиями клавиш при печати. Так что это благое дело потребует от вас не более получаса – на регистрацию, скачивание и установку программы и выбор проектов, в которых вы хотите участвовать.

Евгения Рябцева
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru по материалам http://distributed.org.ua/

11.11.2013

Читать статьи по темам:

биоинформатика онкогены распределенные вычисления Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Список «генов рака» можно сократить в сотни раз

Американские исследователи предложили методику, с помощью которой можно оценить, какие гены действительно играют роль в развитии рака, а какие можно не принимать во внимание.

читать

Сибирь и Америка – вместе против рака

Международное и междисциплинарное сотрудничество с привлечением информационных технологий вселяет надежду на то, что человечество получит не только надежные средства лечения и диагностики, но и разгадает природу рака.

читать

Школа по биоинформатике: итоги

В Первой Летней школе по биоинформатике приняли участие 100 студентов, аспирантов и молодых специалистов биологических и технических специальностей, интересующихся сферой биоинформатики.

читать

Систему менять надо!

Новые исследования, особенно в геномике, поставляют огромный объем информации, который не могут обработать современные базы данных. Поэтому необходимо задуматься о создании принципиально новой глобальной информационной системы.

читать

Биоинженерия и биоинформатика в ТюмГУ

В целях эффективной и оптимальной подготовки таких кадров Тюменский государственный университет впервые проводит набор на новую специальность «Биоинженерия и биоинформатика».

читать