Картирование маркеров рака: присоединяйтесь!
8 ноября 2013 г. к сети распределенных вычислений присоединился еще один медико-биологический проект – «Картирование маркеров рака» (Mapping Cancer Markers, MCM)
Организаторы проекта: Торонтский университет (University of Toronto), факультет компьютерных наук, Лаборатория доктора Игоря Юрисика (Dr. Igor Jurisica), в сотрудничестве с Princess Margaret Cancer Centre. Техническую поддержку оказывает Исследовательский центр наук о жизни IBM (IBM Life Sciences Discovery Centre) на базе объединения World Community Grid.
Различные формы рака – одна из главных причин смертности в мире. Современные методы лечения обеспечивают пятилетнюю выживаемость (это считается критерием излечения) лишь менее чем половине пациентов. Некоторые формы рака (например, головного мозга или поджелудочной железы) до сих пор остаются на 100% смертельными – врачи могут только на несколько лет или месяцев продлить мучения больных. Выживаемость больных раком легких лишь в последние годы увеличилась до 16%. Общее количество больных в 31 ведущей стране мира оценивается в 19 млн. человек.
Причины возникновения рака – это не только канцерогены в окружающей среде и общеизвестные вредные привычки, но и нарушения работы генов. Многие из них и тем более процессы их взаимодействия еще не выявлены. Развитие рака является многоступенчатым процессом, который приводит к неконтролируемому росту клеток опухоли, а затем – к их распространению (метастазированию) в другие органы организма. Этот процесс сопровождается усилением активности онкогенов, новыми мутациями, прекращением, подавлением или активизацией кодируемых генами белков.
Злокачественные изменения в клетках могут быть обнаружены с помощью так называемых мАркеров – определенных участков ДНК и связанных с ними специфических белков. Комбинации этих маркеров связаны с характерными типами рака. По наличию тех или иных маркеров в организме человека можно определить его предрасположенность к определенной форме рака, развитие и протекание выявленного заболевания, а также результаты проведенной терапии, что позволяет значительно улучшить качество лечения.
Например, годы исследований рака молочной железы и простаты позволили обнаружить маркеры, которые позволяют диагностировать рак на ранних стадиях, выявлять пациентов с высоким риском заболевания, прогнозировать реакцию организма на лечение. Известны маркеры и для некоторых других видов рака, но еще больше их предстоит открыть, так как рак очень неоднороден.
Авторы проекта Mapping Cancer Markers (MCM) надеются с помощью участников World Community Grid обнаружить и картировать клинически полезные онкомаркеры, связанные с раком молочной железы, яичников, простаты, поджелудочной железы, легких и других органов. Для этого потребуется обработка проб здоровых и пораженных раком образцов тканей тысяч пациентов, а также тестирование астрономического числа комбинаций маркеров. При этом методом простого перебора комбинаций выполнить такую задачу не представляется возможным – на это не хватит никаких вычислительных ресурсов. Вместо этого исследователи применяют специальные эвристические методы уменьшения пространства поиска полезных маркеров, которые позволят произвести всеобъемлющее картирование в разумные сроки с помощью вычислительных мощностей World Community Grid.
Подробно о том, что такое распределенные вычисления и как к ним присоединиться, см. в статье «Распределенные вычисления: волонтеры на службе науки».
Напоминаем: обработка данных распределенных вычислений нисколько не отразится на производительности, быстродействии и других характеристиках вашего компьютера. Программа BOINC работает в фоновом режиме, используя не нужные в данное время возможности «железа» и время простоя – даже доли секунды между нажатиями клавиш при печати. Так что это благое дело потребует от вас не более получаса – на регистрацию, скачивание и установку программы и выбор проектов, в которых вы хотите участвовать.
Евгения Рябцева
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru по материалам http://distributed.org.ua/
11.11.2013