Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • Biohacking
  • M-Health
  • zdravomyslie

Разнообразие кишечной микрофлоры выросло в 3 раза

В кишечнике нашли полтысячи новых бактерий

Медновости по материалам EurekAlert! – Researchers uncover new knowledge about our intestines

Биологи из Технического университета Дании, благодаря разработанному ими принципу анализа генетических данных, выявили в составе человеческой кишечной микрофлоры свыше полутысячи ранее неизвестных бактерий, а также около 800 новых бактериофагов. Ученые уверены, что более полные представления о микробиоме кишечника могут значительно улучшить понимание природы таких заболеваний, как диабет 2 типа, астма, ожирение и других, а также помочь в поисках методов их терапии. Работа опубликована в журнале Nature Biotechnology (Nielsen et al., Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes).

Распространенный метод метагеномного анализа бактериальных сообществ основан на сопоставлении с референсными (средними, полученными при массовом обследовании) генетическими профилями. Однако видовое разнообразие микроорганизмов значительно превышает референсные значения. Для решения этой проблемы авторы разработали новый принцип анализа данных ДНК-секвенирования, названный ими «принципом совместной представленности» (co-abundance principle).

Метод основан на базовом допущении, что различные фрагменты ДНК одного и того же организма (совместно представленные генетические группы, CAGs), представлены в том же объеме в каждом отдельном метагеномном образце и этот показатель варьируется в сериях образцов. Такой принцип позволяет «собрать» геномы даже прежде неизвестных микроорганизмов в чрезвычайно сложных микробных сообществах, не прибегая к помощи референсных данных.

Авторы проверили метод на 396 образцах кишечных микробиомов и выявили почти семь с половиной тысяч CAGs. В итоге им удалось восстановить геномы более 500 ранее неизвестных кишечных бактерий. До сих пор были секвенированы геномы лишь 200-300 микроорганизмов, живущих в кишечнике.

Кроме того, ученые обнаружили около 800 атакующих микроорганизмы вирусов – бактериофагов, также ранее неизвестных. В настоящее время они заняты выявлением их мишеней с тем, чтобы сделать возможным их использование в качестве альтернативных антибиотикам антимикробных агентов. Кроме того, исследователи сосредоточились на изучении совместных взаимодействий между кишечными бактериями, что потенциально может дать возможность разработки селективного методы терапии различных заболеваний. «В идеале мы могли бы добавлять или убирать специфическую бактерию из кишечника и положительно влиять таким образом на микрофлору», – считает один из авторов исследования Серен Брунак (Soren Brunak).

Стоит отметить, что в последние годы появилось много научных данных, предполагающих ключевую роль состава кишечной микрофлоры в патогенезе различных заболеваний. В частности, речь идет о болезни Крона, аутизме, ревматоидном артрите, рассеянном склерозе.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
08.07.2014

Читать статьи по темам:

анализ ДНК геномика микрофлора секвенирование генома Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Как два доктора заработали более $1 млрд на мутациях

Создатели компании Regeneron Pharmaceuticals используют мутации в генах человеческого организма для разработки фармпрепаратов. В результате Шлайфер вот-вот станет миллиардером, а состояние Янкопулоса оценивается в $400 млн.

читать

Конспект лекции о чудесах генетики

13 июня в рамках проекта «Публичные лекции Полит.ру» доктор биологических наук, директор по науке научно-производственной фирмы «ДНК-Технология» Денис Ребриков прочитал лекцию «Обыкновенное чудо генетики».

читать

Айтишники вкладываются в геномику

Полученные 23andMe инвестиции вкупе с сокращением издержек позволят снизить персонального генетического тестирования с $299 до $99 и увеличить клиентскую базу до 1 млн пользователей, что станет критической массой для бурного развития компании.

читать

Хард и софт для персонализированной медицины

Переход с продажи софта на «железо» с предустановленным комплексом программ объясняется прежде всего тем, что медицинские учреждения не в состоянии поддерживать необходимый по регуляторным документам уровень защиты данных.

читать

Геномика: время больших ожиданий

Энтузиасты индивидуальной геномики обещают море возможностей по предсказанию рисков развития болезней и особенностей лечения. Но они умалчивают о том, что сама эта связь вовсе не является доказанной для многих болезней.

читать