Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • TechWeek
  • Биомолтекст2020
  • vsh25

Секвенирование РНК in situ

Биологи изобрели субклеточное секвенирование РНК

Лента.Ру

Биологи под руководством известного генетика Джорджа Черча создали метод секвенирования РНК in situ, который позволяет составить карту экспрессии тысяч генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга или эмбриона.


Красным подсвечены «работающие» молекулы РНК в мозге мыши, зеленым – в мышином эмбрионе
(Фото: Wyss Institute – ВМ)

Описание метода опубликовано в Science (Je Hyuk Lee et al., Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ), кратко о нем можно прочитать в пресс-релизе Wyss Institute A bird's eye view of cellular RNAs.

Метод получил название FISSEQ (флюоресцентное секвенирование РНК in situ). Латинским выражением in situ биологи обозначают те методы, которые дают пространственную информацию, – данные которых привязаны к конкретной точке клетки или организма. В данном случае секвенирование FISSEQ позволяет определить последовательности молекул РНК, которые находятся в разных частях клетки. Секвенирование проходит с высоким, напоминающим оптическую микроскопию разрешением.

Процедура выглядит следующим образом. Сначала образец фиксируют и разрезают на тонкие слои. Затем из клеток удаляют мембраны, при этом РНК, ДНК и белки остаются фиксированы в матрице (этот метод «просветления» был изобретен недавно с целью получения прозрачного мозга). РНК с помощью обратной транскриптазы переводят в соответствующую ДНК-копию, которую затем многократно амплифицируют. В результате из одной молекулы РНК образуется кластер идентичных фиксированных молекул («наношарик»). В нем представлена не вся исходная РНК, а только ее фрагмент, но этого фрагмента достаточно для надежной идентификации всей молекулы.


Секвенирование in situ. Каждая точка – флюоресцентный сигнал от «наношарика» конкретной РНК
Кадр: Wyss Institute/Nature

Затем используются уже известные методы пиросеквенирования: к образцу добавляют меченые основания, и во время синтеза новых копий ДНК в разных точках образца загораются разные сигналы.

До изобретения FISSEQ биологи могли либо установить пространственное распределение нескольких РНК (метод мечения in situ FISH), либо узнать последовательность всех РНК, но потерять при этом пространственную информацию (секвенирование). Новый метод сочетает обе возможности, что, вероятно, приведет к появлению нового класса исследований в эмбриологии и исследованиях мозга.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
03.03.2014

Читать статьи по темам:

визуализация РНК экспрессия генов Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Фильм о работе сплайсосомы: с точностью до молекулы

Эта технология, разумеется, выйдет за пределы узкого (хотя и важного) изучения сплайсинга; разработчики планируют внедрить её во все отрасли молекулярной биологии.

читать

Сплайсосома монтирует фильм «Матричная РНК»

Создавая блокбастер, режиссер фильма вырезает из него лишние кадры, а клеточная машина, называемая сплайсосомой, вырезает лишние участки – интроны – из молекулы-предшественника матричной РНК. Новая технология позволяет увидеть работу сплайсосом в режиме реального времени.

читать

Квантовые точки повышают эффективность РНК-интерференции

Существующие метки для отслеживания миРНК светятся не более минуты, в то время как квантовые точки испускают свет в течение многих часов. Более того, новый подход в 5-10 раз менее токсичен для живых клеток, чем химические соединения, применяемые сейчас для слежения за ходом РНК-интерференции.

читать

Почти как в фильме «Фантастическое путешествие»

Разработан крошечный чип, позволяющий в реальном времени получить трехмерные изображения изнутри сердца и кровеносных сосудов.

читать

Продолжительность жизни предскажут митохондриальные маячки

Новая методика позволяет прогнозировать продолжительность жизни нематод по количеству вспышек белка, флуоресцирующего при взаимодействии со свободными радикалами в митохондриях.

читать

Волшебные очки для онкологов

Новые высокотехнологичные очки позволяют хирургам-онкологам увидеть окрашивающиеся в синий цвет скопления злокачественных клеток миллиметрового диаметра.

читать