Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • TechWeek
  • Биомолтекст2020
  • vsh25

Американский руководитель петербургского Центра геномной биоинформатики

Вдохновленный геномикой

Полит.ру

Наша беседа с известным биологом Стивом О'Брайеном (Stephen James O'Brien), научным руководителем Центра геномной биоинформатики им. Добжанского в СПбГу, проходила на конференции, давшей старт началу работы его центра. Стив стал один из победителей второго конкурса мегагрантов 2011 года. Тогда еще не было известно о том, что Правительство РФ решило профинансировать наиболее успешные проекты мегагрантов первой и второй волны и была большая неопределенность в том, как же дальше будут развиваться созданные Лаборатории. Беседовала Наталия Демина.

Почему вы решили участвовать в российском конкурсе мегагрантов?

Мой друг, биолог Андрей Козлов, номинировал меня на этот конкурс, так как считал, что мой бэкграунд достаточно широк и у меня есть большие шансы на победу. И я, особо в тот момент не задумываясь, почел за честь принять участие в конкурсе. Когда он меня попросил подготовить заявку на грант, я провел несколько дней в раздумьях, чтобы я стал делать, если бы имел возможность создать новую лабораторию без всяких ограничений, которые у меня были, когда я работал на госслужбе США в течение стольких лет (ученый в 1986-2011 гг. был директором лаборатории геномного разнообразия Национального института рака США – «Полит.ру»).

Когда я узнал, что оказался в числе победителей в октябре 2011 года, у меня были смешанные чувства, так как я работал на одном месте 40 лет. Я понимал, что не смогу совмещать и руководство проектом, и свою работу на правительство США. Однако у меня уже была возможность уйти на пенсию, и я люблю вызовы судьбы, так что этот проект показался мне хорошей возможностью использовать опыт моей работы, моей жизни, моих друзей, всех тех, кто согласился приехать в Санкт-Петербург. Мне также казалось важным использовать культурный и общественный потенциал россиян, которым политические трудности не позволяли добиться научных успехов.

Всем нам известен пример Китая, который за 25 лет сумел занять лидирующие роли и в экономике и науке. Я думаю, что и у России есть потенциал, если политическая воля будет помогать, а не мешать развитию науки. Как малая часть этого процесса, я приехал в Россию, чтобы попытаться собрать небольшую команду исследователей, чтобы обучить молодых ребят геномике, а это большая область науки, и чтобы завести новых друзей. Здесь есть потенциал для исследований в области медицины человека, естествознания (natural history), сохранения биоразнообразия и других. Я восхищен тем, как продвигается наша работа.

Сталкивались ли вы с какими-то бюрократическими и прочими препятствиями, которые затрудняли вашу работу по проекту?

Конечно, да. Но всегда есть пути их преодоления. Если сказать честно, то в США я сталкивался с куда более сложными бюрократическими проблемами при изучении генома человека и видов, находящихся под угрозой исчезновения.

Я работал в разных странах мира, в Африке, Индии, Австралии и Китае. И везде были свои возможности и свои проблемы. Если у тебя есть терпение, то рано или поздно ты найдешь людей, которые загораются твоими идеями и которые могут помочь. И эти люди знают, как преодолеть бюрократические проблемы. Так что я надеюсь, что если я немного выучу русский, прочитаю книги об истории России, и буду слушать своих коллег, то пойму, как бороться с трудностями в России.

Но наука – потрясающий объединитель (a terrific unifier), ученые в любой стране заинтересованы в поиске истины, они не знают ответов, но они ищут истину. Они хотят двигаться в неизведанные земли, где никто не был, и они это делают, невзирая на политические проблемы, которые создаются властью.

Я сотрудничал с Алексеем Козловым, начиная с конца 1970-х годов, несмотря на все турбулентности. Я работал с моими китайскими коллегами в течение 30 лет, пройдя через все сложные годы. Я работал с моими американскими коллегами, преодолевая трудности (смеется).

В общем и целом, наука – это приятное занятие, потому что люди, которые ею занимаются, обладают большим сердцем, придумывают потрясающие идеи и они открыты новому. Они хотят помочь обществу, они хотят изменить мир к лучшему и они готовы начинать с нуля. И не важно, какой человек национальности.

Санкт-Петербург – прекрасный город с потрясающей историей, Эрмитаж и Нева радуют глаз. Я потрясен этим зданием двенадцати коллегий, в котором Петр I планировал разместить свои министерства. Так что для меня – всё это как приключение в неизведанную часть мира.

Где будет находиться ваша лаборатория? Сколько человек будут в ней работать?

СПбГУ выделил нам площади в здании Химического факультета на Васильевском острове. Это небольшая площадь 400-500 кв. м., у нас там будет 15-20 молодых сотрудников в течение двух лет, что отвечает условиям гранта. Но кроме этого, к нам будут приезжать коллеги из других стран. Мы также планируем найти дополнительные ресурсы. У российских мегагрантников много денег, но их недостаточно, чтобы основать центр такого же уровня как BGI (Beijing Genomics Institute, один из ведущих мировых центров по секвенированию геномов – «Полит.ру») в Китае или Sanger Institute в Кембридже (один из ведущих центров в проекте «Геном человека» – «Полит.ру»).

Я думаю, что в России есть ресурсы, которые можно собрать вместе, чтобы создать конкурентоспособный научный центр в области генетики, возможно, с коллаборацией с кем-то еще или может быть с помощью частных инвесторов и филантропов. Мы знаем, что в России есть миллиардеры. На что они хотят потратить деньги? Может быть, кому-то будет интересно потратить их на открытие «книги жизни», на то, чтобы понять, почему геномика столь увлекательна?

Вы собираетесь встретиться с ними и поговорить?

Я попытаюсь.

Почему вы решили стать биологом? Ваши родители – ученые?

Нет. Мой отец был радиоинженером, он создавал радио- и телестанции, всё то, что было гордостью науки и техники XX века. Мое решение стать ученым было третьим в моем списке приоритетов. Первым приоритетом было стать профессиональным игроком в бейсбол, вторым – певцом и танцором на Бродвее. Но тот и другой путь требовали редкого качества, а именно таланта. А я был хорош в науке и сказал себе: «Это – моё». У меня не было таланта стать профессиональным спортсменом…

А почему биология, а не, скажем, физика или математика?

Я думаю, это потому, что в студенческие годы я восхищался продвижением биологии в тайны гена, и тем, что делал Феодосий Добжанский и его современники.

Вы встречались с Добжанским лично?

О да, он был одним из моих учителей! Работа Добжанского служила источником вдохновения для всего моего поколения ученых. Но к тому времени, когда я поступил в аспирантуру, ему было 60 (Ф. Добжанский – российско-американский генетик, один из основателей синтетической теории эволюции, род. в 1900, в 1927 г. уехал на учебу в США, умер в 1975 – «Полит.ру»). Мой профессор был его учеником, я встречался с ним несколько раз, мы много разговаривали. Я очень хотел быть его аспирантом, но бюрократические проблемы в том месте, где он работал, не позволили мне это сделать. Я закончил небольшой колледж, который был недостаточно известен, чтобы меня приняли в ту аспирантуру. Так что когда мы с ним встретились потом, он мне сказал: «Стив, тебе просто надо было написать мне напрямую!» – и он бы меня взял.

Вот почему вы выбрали его имя для своего центра.

Я взял его имя, т.к. хотел, чтобы центр носил имя того, кем Санкт-Петербургский университет мог бы гордиться. Он ведь начинал свои научные исследования здесь. Он переехал в США, и он – знаменитый эволюционный биолог и популяционный генетик. Фактически он был отцом-основателем эмпирической и экспериментальной популяционной генетики. Когда он начинал свои исследования, эти области были в самом зародыше, он их развил. Это были области биологии, которые другие исследователи тогда не очень уважали, они думали, что гораздо важнее изучать работу генов, чем изучать мух, которые летают в пустынях или вокруг деревьев. Но Добжанский был заворожен процессами эволюции – и с тех пор популяционная генетика, которую он начал, развилась в три области, в которых мне повезло работать.

Во-первых, только благодаря инструментам, которые были разработаны популяционными генетиками, стали возможными открытия в области генома человека. Исследования по открытию новых генов, в области СПИДа, рака и других сложных болезней, вышли из подходов популяционной генетики.

Во-вторых, это судебно-медицинская экспертиза, идентификация ДНК при обвинениях в убийствах и в изнасилованиях. Присяжные требуют проведения тестов ДНК, а они все базируются на статистической популяционной генетике.

В-третьих, это сохранение биоразнообразия. Треть видов, которые существуют на Земле, находятся под угрозой исчезновения. Понимание истории этих видов базируется не всегда, но нередко на генетических исследованиях. И эти генетические исследования считаются важным пунктом любой программы по сохранению популяции исчезающего вида.

Мне повезло участвовать во всех трех областях исследований, они все начались с популяционной генетики.

Как будет проходить ваше сотрудничество с Павлом Певзнером и его лабораторией?

Павел пришел к геномике с опытом работы в computer science. Я пришел к этому из биологии. Но разными путями мы дошли к одной точке – мы оба восхищены достижениями и возможностями секвенирования геномов. Так что мы решили организовать формальное партнерство с Павлом Певзнером, возглавляющим Лабораторию алгоритмической биологии, и Андреем Козловым, возглавляющим Биомедицинский центр. И мы втроем объединим наши экспертные возможности и разработаем совместную программу исследований, которая будет лучше той, которую любой из нас мог бы придумать поодиночке.

Мы надеемся, что молодые ученые, постдоки, смогут получить знания и опыт в этих трех областях, которые сделают их конкурентоспособными и на уровне лучших достижений наших областей науки.

Собираетесь ли вы продолжить работу центра по истечении двух лет гранта, для чего будете искать деньги для этого? Это ваша надежда или какие-то веские основания рассчитывать на то, что вы эти деньги найдете?

Это моя цель, и это цель Павла и цель Андрея. Мы будем работать вместе, чтобы создать успешно работающий научный центр. Кроме нас есть еще и Александр Графодатский из Новосибирска (из Института химической биологии и фундаментальной медицины г. Новосибирска – «Полит.ру»), который делал доклад на конференции и его коллег. И Ольга Уфыркина из Владивостока (из Институт биологии и почвоведения, Дальневосточное отделении РАН – «Полит.ру»). Мы планируем сотрудничать с петербургскими генетиками, такими как Сергей Инге-Вечтомов. Многие коллеги  уже согласились работать с нами в единой команде в виртуальном центре, который имеет разные «дома». Так получилось, что я буду работать здесь, но мы все будем работать на единую цель.

Это будет неформальный центр?

Да, неформальный виртуальный центр.

Вы собираетесь жить здесь в Санкт-Петербурге в течение многих месяцев?

По требованиям гранта, я должен быть здесь минимум 4 месяца в году. А на самом деле, возможно, я буду здесь даже больше. В то же время я должен бывать и в США, хотя я выполнил обещание и ушел на пенсию, но у меня есть ученики-постдоки, которые нуждаются в моем внимании, у меня есть приглашения из Гарварда, из Смитсоновского института, из Пекинского университета в Китае, которыми я надеюсь воспользоваться  в следующие несколько лет. Я постараться также привлечь коллег к сотрудничеству. Наша лаборатория – это на самом деле международное предприятие.

В коридоре я поговорила с участниками конференции после доклада китайского коллеги Yang Huanming (Dr. Henry Yang) из BGI (Пекинского института геномики). Они сказали: «Что же мы будем делать через 10 лет? Китай заберет все секвенирование в свои руки». Что вы думаете о будущей роли американской или европейской науки в свете развития науки в Китае? Вы боитесь наступления китайской науки?

Нет, я очень рад и восхищен тем, что делают китайцы. Они очень открыты, они заняли ведущие роли в обмене данными (data-sharing). Они заинтересованы в том, чтобы сделать наш мир лучше, потому что они – ученые. Они сначала ученые, а потом уже китайцы. Они прекрасно освоили технологию секвенирования, и уже многое сделали на этом пути.

Но они были в таком же положении, в каком сейчас находится российская наука, 20 лет назад. Их было мало, Генри Янг был одним из них, Генри работал в своем гараже с аппаратом по секвенированию, который он едва мог себе позволить, и его дело начало развиваться. Я думаю, что то, чего достигли китайцы – превосходно, и то же самое может произойти и в России. Вам нужна поддержка и открытость (openness) со стороны правительства и частного сектора и академического сообщества.

Участвовали ли вы во встрече ученых-мегагрантников с президентом Медведевым?

Я был приглашен на эту встречу, но не мог приехать. Но я был бы рад встретиться и с президентом России, и с министром науки. Но я думаю, что самое важное – дать возможность талантливым молодым ученым заниматься наукой переднего края, которой и мне повезло заниматься.

Общаетесь ли вы с другими получателями мегагрантов, обмениваетесь ли опытом?

Да, конечно. Мы обсуждаем разные вещи, обычно они рассказывают о том, что им не нравится (смеется), а я предпочитаю говорить о том, что мне нравится. Я нахожусь здесь и вижу потенциальные возможности и рад тому, что многие мои друзья приехали сюда, а другие мои друзья (у меня их много) собираются приехать в Санкт-Петербург. Они хотят посмотреть на наш центр и помочь ему.

И последний вопрос. Каким бы вы хотели видеть ваш центр через 10 лет?

Я надеюсь, что это будет самостоятельный центр (self-standing), куда российские ученые и студенты будут приходить, чтобы получить подготовку в области геномики у российских исследователей и ведущих ученых. А моя фотография будет на стене – как одного из тех, кто создал этот центр, но им будет руководить россиян, подходящий для этой роли.

Т.е. вы не собираетесь оставаться главой этого центра через 10 лет?

Я надеюсь, что нет. Я хочу, чтобы этим занимались молодые люди. Я буду рад оставаться сотрудником этого центра через 10 лет, но не хочу быть его главой. Потому что в моей ДНК – гены ученого, а не администратора, и прямо сейчас я пытаюсь свести все вместе, чтобы это заработало.

Однако за свою жизнь я понял один секрет – не требуется много времени на то, чтобы научить молодых людей всему тому, что я знаю.  Может быть, несколько недель или месяцев. А потому они начинают вести дела даже лучше, чем я. Я должен быть готов к тому, чтобы начать учиться у них.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
13.08.2012

Читать статьи по темам:

биоинформатика геномика грант совместные проекты Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Постдокторские гранты для «-омиков»

10 международных стипендий Vrije Universiteit Brussel (Бельгия) будут предложены молодым ученым, специализирующимся в «-омиках»: метагеномике, геномике, протеомике, биоинформатике.

читать

Анализ геномных данных: учимся у лучших

В Подмосковье проводится первый в России образовательный курс «Анализ геномных данных» с участием преподавателей Лаборатории Колд Спринг Харбор.

читать

Облачная биоинформатика для «-омиков»

На вопросы где хранить, как хранить и как обеспечить доступ к данным, которые получает протеомика, геномика, микробиомика и прочие так называемые «-омики» позволяют ответить биоинформационные облачные технологии.

читать

Центр геномной биоинформатики СПбГУ начинает работу

27-28 апреля 2012 г. в Санкт-Петербургском государственном университете состоится международная научная конференция, посвященная открытию Центра геномной биоинформатики.

читать

Биоинформатика регуляции и структуры геномов по-сибирски

На Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры геномов в Новосибирске обсуждались вопросы биоинженерии макромолекул, интеграции технологий in siliko и in vitro в разработке лекарственных препаратов, проблемы системной биологии и геронтологии и др.

читать