На прошлой неделе в Nature: секвенируем, секвенируем...
В кратком обзоре описаны результаты двух публикаций из последних выпусков журналов Nature и Nature Genetics.
Секвенирование транскриптома: больше информации о мутациях, вызывающих заболевания человека
В статье Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian population, опубликованной 10 марта в online версии журнала Nature, группа европейских ученых, возглавляемых Эммануэлем Дермицакисом (Emmanouil Dermitzakis), приводит результаты секвенирования мРНК (РНК, служащей матрицей для синтеза белков) из транскриптомов 60 европейцев, информация о которых содержится в общедоступной базе данных HapMap (об этом проекте мы писали в заметке «Эволюция человека продолжается: новые доказательства»).
С помощью технологии секвенирования второго поколения ученые обнаружили, что около 10 миллионов сиквенсов (разовых «прочтений» нуклеотидных последовательностей) эквивалентны результатам, полученным с помощью микрочипового анализа, с той разницей, что секвенирование позволяет получать количественно более точные данные об альтернативных и присутствующих в большом избытке транскриптах. (Альтернативные транскрипты – молекулы мРНК, образовавшихся из одной молекулы РНК в ходе альтернативного сплайсинга – процесса, при котором кодирующие участки РНК (экзоны) вырезаются и компонуются в различных комбинациях, порождающих несколько разных молекул зрелой мРНК, по которым в дальнейшем синтезируются белки.)
Корреляция результатов секвенирования мРНК со снипами позволила исследователям обнаружить большее, по сравнению с результатами микрочипового анализа, количество экспрессирующихся областей генома, ассоциированных с так называемыми локусами полигенных признаков (quantitative trait loci, QTLs). К признакам, связанными с взаимодействием нескольких генов относится, например, цвет глаз. Многие наследственные заболевания человека также имеют полигенную природу, т.к. возникают в результате нарушения взаимодействия нескольких генов.
Представленное исследование продемонстрировало новые возможности технологий секвенирования последнего поколения: они позволяют обнаруживать новые свойства генетических эффектов в транскриптомах, что, в свою очередь, дает возможность более глубокого изучения влияния генетических изменений на клеточные процессы.
Локализована генетическая предрасположенность к язвенному колиту
В online версии журнала Nature Genetics международная группа ученых, возглавляемая Андрэ Франкэ (Andre Franke) из Германии, опубликовала 14 марта статью Genome-wide association study for ulcerative colitis identifies risk loci at 7q22 and 22q13 (IL17REL), в которой представлены результаты ассоциативного исследования генома, направленного на определение генетической предрасположенности к язвенному колиту (хроническому воспалительному заболеванию прямой и толстой кишки). Ученые проанализировали 1 897 764 единичных нуклеотидных полиморфизмов (single nucleotide polymorphisms, SNPs), обнаруженных у жителей Германии, из которых 1043 были больны язвенным колитом, а 1703 человека не страдали этим заболеванием, и нашли изменения в областях генома, локализованных на хромосоме 7q22 (rs7809799) и на хромосоме 22q13 в IL17REL (rs5771069), ассоциированные с повышенным риском возникновения язвенного колита. Обнаруженные взаимосвязи между найденными локусами и язвенным колитом исследователи подтвердили на шести популяциях жителей разных регионов Европы, составляющих всего 2539 больных язвенным колитом и 5428 людей из контрольных групп.
Дарья Червякова
Портал «Вечная молодость» по материалам Genomeweb: This Week in Nature, March 18, 2010
22.03.2010