Транскриптом арабидопсиса
Биологи создали атлас экспрессии генов резуховидки
Ученые из Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН и МГУ создали подробный атлас экспрессии генов для резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana) – модельного объекта генетики растений. Это позволяет уточнить функции многих генов и находить гены, ранее неизвестные.
В растении множество разных типов клеток, все они имеют один и тот же набор генов. Отличаются клетки и ткани потому, что в них работают разные гены. Ученые создали карту, или атлас экспрессии, то есть активности генов резуховидки Таля, который позволяет посмотреть, какие гены и когда включаются в разных частях растения. Карта экспрессии поможет узнать о работе тех генов, функции которых еще неизвестны. У резуховидки таких генов более 70%.
Резуховидка Таля (Arabidopsis thaliana) – небольшое растение из семейства крестоцветных. Жизненный цикл оно проходит очень быстро, за 1-2 месяца, и дает много семян. Его геном – один из самых маленьких среди цветковых растений. По этим причинам резуховидка подходит для генетических исследований растений, как, например, мышь – для исследований животных. Данные, которые получают на этом объекте, – отправная точка для экспериментов на других растениях, включая многие сельскохозяйственные.
По словам ученых, они узнали, как экспрессируются гены в различных органах и на разных стадиях развития растения: от прорастания до цветения и созревания семян. Удалось найти гены, специфичные для тех или иных стадий, и те, которые не меняют активность в течение жизни растения. Кроме того, авторы обнаружили несколько сотен новых генов, несмотря на то что геном резуховидки если и не самый маленький, то самый изученный из всех цветковых растений.
Ученые собрали результаты работы в общедоступную базу данных, которую назвали TraVA (Transcriptome Variation Analysis). В этой базе видно, в каких тканях, органах и в какой период жизни растения работал каждый из 25 706 генов. Кроме того, можно сравнить активность генов в разных органах. Авторы планируют дополнить базу данными по экспрессии генов нескольких видов растений и инструментарием, который позволит сравнивать экспрессии генов между разными видами.
Результаты исследования опубликованы в журнале Plant Journal (Klepikova et al., A High Resolution Map of the Arabidopsis thaliana Developmental Transcriptome Based on RNA-seq Profiling).
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
09.09.2016