Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • БиоМолТекст-18
  • Vitacoin

Транскриптомные тест-системы для диагностики рака

Командная игра

«Поиск» № 42-2015

Новый метод подбора тест-систем для персонифицированной диагностики онкологических заболеваний представлен российскими учеными в недавнем номере журнала Scientific Reports (Galatenko et al., Highly informative marker sets consisting of genes with low individual degree of differential expression, в открытом доступе –  ВМ).

Предложенный группой авторов под руководством члена-корреспондента РАН Александра Тоневицкого из МГУ и Национального медицинского исследовательского радиологического центра метод медицинской диагностики стал результатом сотрудничества молекулярных биологов и математиков. 

Транскриптомные тест-системы позволяют делать выводы об особенностях заболевания на основе данных об активности определенных генов образца ткани или крови конкретного пациента и благодаря этому служат инструментом персонифицированной медицины. Транскриптом, на котором они основаны, представляет все молекулы РНК клетки, это отражение всех ее активных генов в данный момент времени. Транскриптомные тест-системы не только повышают точность диагностики, но и дают возможность предсказать ход течения заболевания и оптимизировать выбор терапии. Например, благодаря им можно по текущим особенностям оценивать риск возникновения рецидива через 5 или даже 10 лет. 

Анализировать особенности экспрессии десятков тысяч генов в настоящее время сложно и дорого, а потому транскриптомные тест-системы строят на основе лишь нескольких десятков генов. Обычно в качестве таких генов выбирают гены, каждый из которых сам по себе имеет максимальную информативность. Но российские ученые обнаружили, что гены с высокой индивидуальной информативностью необязательно хорошо дополняют друг друга, тогда как гены с более низкой информативностью могут в совокупности быть высокоинформативными. 

В исследованиях Тоневицкого с соавторами для предсказания риска рецидива с помощью транскриптомных систем были использованы выборки образцов пациентов с раком молочной железы и методы машинного обучения в сочетании с переборными стратегиями, что потребовало привлечения ресурсов суперкомпьютерного центра МГУ. Таким образом учеными были выявлены пары и тройки генов, позволяющие обеспечить достоверность оценки риска как минимум не хуже, чем у зарубежных коммерческих тест-систем (OncotypeDX и MammaPrint). 

Комментируя открытие в интервью «Эху Москвы», один из авторов, Владимир Галатенко, провел аналогию со спортивной командой: команда из звезд, но без командной игры часто проигрывает команде из более слабых, но хорошо сыгранных и хорошо дополняющих друг друга игроков. Разработанный метод поиска наиболее информативных комбинаций генов также позволяет исследовать важные для той или иной патологии группы генов, которые были бы пропущены традиционными методами анализа.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
21.10.2015

Читать статьи по темам:

диагностика наука в России персонализированная медицина рак РНК Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Российские ученые разработали методику определения рака по ДНК

В государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» разработали тест-систему сверхранней диагностики рака по ДНК.

читать

Прорывные технологии для сохранения здоровья

Тераностика – мировой тренд медицины будущего. Термин сравнительно недавно появился в современной науке. Тераностика сочетает в себе весь цикл медицинских услуг: от ранней диагностики заболеваний до терапии и последующего мониторинга лечения.

читать

Диагностика рака груди – точнее и дешевле

Для определения подтипа рака молочной железы в основном используют метод иммуногистохимического анализа. Новосибирские учёные выбрали панель специфических для РМЖ микро-РНК, которые, по их наблюдениям, наиболее явно демонстрируют опухолевой процесс при диагностике.

читать

GoBe: российский «умный браслет» – скоро в продаже

Первая партия HealBe GoBe появится в Москве в середине декабря (во всяком случае, так обещает производитель). Примерная цена – около 12 тысяч рублей.

читать

ОнкоБиоМед-2014: лучшие стартапы

В рамках XVIII российского онкологического конгресса состоялся финал конкурса «ОнкоБиоМед-2014», определивший 3 лучших стартапов в области инновационных решений для борьбы онкологическими заболеваниями.

читать