Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • medtech
  • ММИФ-2018
  • Vitacoin

Гонка за тысячедолларовым геномом: финиш всё ближе

Персональный геном за 5000$ в течение трёх минут

На ежегодной конференции Advances in Genome Biology and Technology, посвященной последним достижениям в технологиях изучения генома, вниманию ученых были представлены технологии секвенирования генома третьего поколения, рассчитанные, по заявлению разработчиков, на секвенирование генома человека за 3 минуты, при этом стоимость работы составит всего 5000$.

Секвенаторы компании Complete Genomics

Ещё в октябре прошлого года компания Complete Genomics заявила о том, что разработанные ею технологии позволят в этом году секвенированировать геном человека за 5000$, однако не представила никаких доказательств. На конференции, проходившей в начале февраля этого года на острове Марко, Флорида, Complete Genomics представила результаты успешного секвенирования человеческого генома, которое заняло всего 8 дней и было осуществлено с помощью одновременной работы 9 приборов.

Технология секвенирования Complete Genomics позволяет секвенировать 254 миллиарда пар оснований ДНК, что является на сегодняшний день абсолютным рекордом. По словам президента компании Клиффорда Рейда, каждое основание ДНК в геноме человека «прочитывается» в среднем до 91 раз. Многократное секвенирование каждого основания позволяет значительно снизить вероятность возможных ошибок. Точность новой технологии очень высока: вероятность ошибки в одном основании ДНК составляет не больше одной трети процента, что сопоставимо с точностью самых современных секвенаторов.

Компания Complete Genomics не продает секвенаторы, а проводит секвенирование на своем оборудовании в здании компании.

Основными коммерческими ориентирами при создании новой технологии в компании Complete Genomics были скорость и низкая стоимость секвенирования. Ожидается, что к июню этого года затраты на реактивы для секвенирования одного генома будут обходиться не более, чем в 1000$. Коммерческое секвенирование станет доступным уже в марте этого года. В компании планируют просеквенировать до 1000 геномов в этом году и 20 000 геномов человека – в следующем.

Секвенаторы Pacific Biosciences

Компания Pacific Biosciences просеквенировала геном бактерии Escherichia coli с помощью новой технологии SMRT (Single Molecule RealTime). Секвенатор этой компании позволяет «прочитывать» каждое основание ДНК в среднем до 38 раз, а точность определения основания ДНК составляет 99,9999%.

Технология секвенирования Pacific Biosciences основана на секвенировании в реальном времени каждой молекулы с помощью ДНК-полимеразы (на сайте компании представлен видеоролик, иллюстрирующий процесс секвенирования). Несмотря на то, что сейчас скорость прочтения молекул ДНК с помощью секвенаторов Pacific Biosciences составляет 3 основания ДНК в секунду, в компании надеются, что к 2013 году весь геном человека можно будет секвенировать за 3 минуты.

При секвенировании генома Escherichia coli средняя длина секвенируемой ДНК составляла 586 оснований, наибольшая – 2805 оснований. В настоящее время в компании ведутся разработки методики, которая позволит секвенировать более длинные последовательности ДНК. Некоторые ученые надеются, что секвенирование более длинных участков генома поможет снизить вероятность ошибок и позволит определить трудные для секвенирования участки генома.

Компания Pacific Biosciences планирует начать коммерческую деятельность в конце следующего года.

Секвенаторы других компаний

Современные технологии секвенирования, реализуемые такими фирмами, как Illumina, Applied Biosystems и Roche, позволяют получать результаты с поразительной быстротой – количество просеквенированной в течение нескольких дней ДНК сопоставимо с несколькими геномами человека. Тенденция такова: скорость секвенирования повышается, цены – падают. Например, в Illumina обещают, что к концу этого года секвенирование генома человека обойдется всего в 10000$.

Как оказалось, не у всех компаний, предлагающих услуги по секвенированию, дела идут так гладко. Секвенаторы третьего поколения, выпускаемые фирмой Helicos Biosciences of Cambridge в Массачусетсе, получили нарекания к низкой точности секвенирования. Незадолго до начала конференции, один из первых покупателей новых секвенаторов у Helicos Biosciences of Cambridge вернул аппарат производителю. Выступая на конференции, представители компании заявили, что им удалось просеквенировать геном нематоды Caenorhabditis elegans. Однако возврат секвенатора и высокая стоимость реагентов и аппарата (недавно сниженная до 999999$, при том, что средняя цена аналогичного оборудования составляет около полумиллиона долларов) снизили интерес ученых к секвенаторам этой компании.

Ведущий технолог Helicos Biosciences of Cambridge Вильям Эфцавич считает слухи о неудаче компании сильно преувеличенными. Многие ученые разделяют мнение Эфцавича и выражают надежду, что Helicos Biosciences of Cambridge и другие компании продолжат конкурировать за большую производительность секвенаторов при более низких ценах. По словам директора HudsonAlpha Institute for Biotechnology в Алабаме Рика Майерса, – «на рынке технологий секвенирования создалась ситуация здоровой конкуренции. Тот факт, что теперь мы можем просеквенировать до 80 миллионов последовательностей ДНК за несколько дней, похож на чудо».

Вечный Разум

Портал «Вечная молодость» www.vechnayamolodost.ru 11.02.2009

Читать статьи по темам:

геном человека персональный геном секвенирование генома тысячедолларовый геном Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Расшифровка генома человека: всё ближе к рубежу $1000

Американская компания обещает расшифровку генома человека по пять тысяч долларов уже в следующем году.

читать

«Википедия» создает интернет-генотеку

По планам создателей, основная задача Gene Wiki заключается в унификации информации по каждому гену, а также в возможности добавлять специалистами новейшую информацию по мере ее появления.

читать

Прочитан первый женский геном

Генетики Лейденского университета завершили сканирование ДНК первой женщины и первого обитателя Европы, геном которой будет полностью расшифрован к концу года.

читать

Наследственные болезни: выявить можно уже сейчас, вылечить – еще не скоро

До недавнего времени были изучены преимущественно моногенные заболевания, возникающие при нарушении работы одного гена. Но большинство наследственных болезней связаны с одновременным нарушением работы нескольких генов и определённым воздействием внешней среды.

читать

Полку генов убыло

К моменту обнародования «черновой» последовательности генома человека в 2001 году общепринятой считалась цифра 35000, сейчас же генетические каталоги включают примерно 24500 генов. Новое биоинформатическое исследование свидетельствует, что число «реальных» генов ещё меньше: около 20500.

читать