Подписаться на новости
  • Сенатор
  • ООО "Ай Вао"
  • medtech
  • ММИФ-2018
  • Vitacoin

Перепутанные гены

Значительная часть генетических исследований может содержать неверно маркированные образцы

Юлия Коровски, XX2 век, по материалам EurekAlert: Researchers discover extensive mislabeling of gene expression samples

Как минимум треть исследований, посвящённых экспрессии генов, содержит неверно маркированные образцы – к такому выводу пришли учёные Университета Британской Колумбии (University of British Columbia). Результаты работы опубликованы на платформе F1000Research (Toker et al., Whose sample is it anyway? Widespread misannotation of samples in transcriptomics studies).

Повторно анализируя публично доступные данные четырёх исследований болезни Паркинсона, канадские учёные обнаружили, что в двух из них экспрессия поло-специфических генов не совпадает с информацией о поле испытуемого, указанной самими генетиками. Удивлённые исследователи решили узнать, как часто возникают подобные ошибки. Для этого они так же, как и в прошлый раз, проанализировали экспрессию генов поло-специфических хромосом. Особи женского пола экспрессируют некоторые гены, расположенные на Х-хромосоме, гены же, расположенные на Y-хромосоме, экспрессируют только мужчины. Чтобы понять, верна ли маркировка образца, достаточно сопоставить уровень экспрессии этих генов с полом «на этикетке».

Научная группа изучила 70 наборов данных из 4043 проб. 46% из них содержали как минимум одно несоответствие между экспрессией генов и указанным полом. На основе этих данных учёные рассчитали, что пробы с неверной маркировкой можно обнаружить в как минимум в 33% (а то и в 60%) всех исследований, посвящённых генной экспрессии. Авторы отмечают, что использованные ими методы не позволяют зарегистрировать случаи, когда неверная маркировка не связана с полом – например, если произошло смешение образцов материала двух испытуемых одного пола.

Научная группа попыталась выяснить, на какой стадии исследования возникают такие ошибки. Хотя в большинстве случаев точное происхождение проб установить не удавалось, учёные обнаружили, что неверная маркировка часто имела место до начала анализа данных, а иногда исследователи путали пробирки ещё в лаборатории.

«Учёные давно знали о важности маркеров пола для контроля качества, поэтому было удивительно обнаружить настолько очевидные проблемы в таком количестве исследований, – говорит член научной группы Лайла Токер (Lilah Toker). – Мы надеемся, что наша работа подтолкнёт других учёных к тому, чтобы быть более внимательными». «Хотя эти цифры вызывают тревогу сами по себе, реальное число ошибок, скорее всего, окажется выше, поскольку гендерный анализ может распознать только несоответствие пола и не помогает выявить неверную маркировку образцов, полученных в результате исследований методом случай-контроль или проб с тем же гендером», – замечает рецензент статьи Ханс ван Бокховен (Hans van Bokhoven).

Неверная маркировка образцов может повлиять на достоверность результатов и привести к тому, что пробы окажутся непригодными для дальнейшего использования, поэтому авторы настаивают на том, что повторный анализ экспрессии поло-специфических генов должен стать обязательной процедурой.

Экспрессия гена – процесс, в ходе которого наследственная информация гена преобразуется в функциональный продукт – РНК или белок. Некоторые этапы экспрессии генов могут регулироваться. Регуляция экспрессии генов позволяет клеткам контролировать собственную структуру и функцию и является основой дифференцировки клеток, морфогенеза и адаптации. Экспрессия генов является субстратом для эволюционных изменений, так как контроль над временем, местом и количественными характеристиками экспрессии одного гена может иметь влияние на функции других генов в целом организме.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
 14.10.2016

Читать статьи по темам:

экспрессия генов генный анализ Версия для печати
Ошибка в тексте?
Выдели ее и нажми ctrl + enter
назад

Читать также:

Проект GTEx – шаг вперед на пути к пониманию генома человека

Первые результаты работы консорциума по изучению тканевых генотипов (GTEx) открывают новое видение того, как геномные вариации влияют на активность генов в различных тканях и на предрасположенность людей к различным заболеваниям.

читать

В лечении периодонтита поможет транскриптомика

Новый подход к классификации периодонтита, базирующийся не на клинических проявлениях и симптомах, а на анализе активности генов в затронутых заболеванием тканях, позволит проводить более раннюю диагностику и более индивидуализированную терапию.

читать

Меланома: ранняя диагностика по анализу крови

Ученые из университета Данди (Великобритания) разработали уникальный тест для выявления развития меланомы по образцу крови, что позволит диагностировать заболевание на ранней стадии, а в перспективе – разработать новые методы лечения.

читать

Физкультура не спасает мышцы от старения

Анализ белкового и генетического профиля старения мышечной ткани показал, что физические упражнения не замедляют процесс ее старения, а 25% людей вообще неспособны наращивать мышцы независимо от их упорства и тяжести тренировок.

читать

Ген MGC8902 – главная причина человеческой мозговитости?

Возможно, что ключевая генетическая основа резкого отличия человеческого головного мозга от мозга других приматов и млекопитающих – наличие в нашем геноме значительно бОльшего числа копий гена MGC8902.

читать